Выравнивание последовательностей
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| 50S ribosomal protein L4 |
RL4_ECOLI |
RL4_BACSU |
401,5 |
41,1 |
65,2 |
6 |
2 |
| Ferric uptake regulation protein |
FUR_ECOLI |
FUR_BACSU |
208,5 |
31,6 |
50,3 |
13 |
3 |
| Serine--tRNA ligase |
SYS_ECOLI |
SYS_BACSU |
1093,5 |
51,6 |
67,1 |
9 |
4 |
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 (%) |
Coverage 2 (%) |
| 50S ribosomal protein L4 |
RL4_ECOLI |
RL4_BACSU |
405,0 |
43,5 |
67,5 |
1 |
1 |
94,5 |
92,3 |
| Ferric uptake regulation protein |
FUR_ECOLI |
FUR_BACSU |
211,0 |
34,1 |
53,6 |
3 |
1 |
91,2 |
93,2 |
| Serine--tRNA ligase |
SYS_ECOLI |
SYS_BACSU |
1095,5 |
52,1 |
67,5 |
8 |
3 |
99,3 |
99,1 |
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
| Aliment: |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage 1 (%) |
Coverage 2 (%) |
| needle |
FUR_ECOLI |
SYS_BACSU |
37,5 |
6,7 |
12,6 |
329 |
9 |
- |
- |
| water |
FUR_ECOLI |
SYS_BACSU |
41,0 |
18,0 |
35,3 |
48 |
6 |
75,0 |
25,2 |
В результате применения программ выравнивания к негомологичным белкам, а именно fur_ecoli и sys_bacsu получился довольно-таки низкий score (37,5 у глобального; 41,0 у локального) и огромное количество гэпов (329 у глобального: 48 у локального)
Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview
Глобальное выравнивание белков fur_ecoli и fur_bacsu
Множественное выравнивание белков
Для множественного выравнивания мною была выбрана мнемоника rl4. Нашлось белков с такой мнемоникой - 822. Были выбраны RL4_BOVIN, RL4_LACGA, RL4_CLOPS, RL4_PROM3, RL4_DEHM1
Множественное выравнивание RL4 белков
Исходя из полученного выравнивания, можно предположить, что белки практически не гомологичны.
|