Визуализация молекулы белка

[бэта-версия]

Визуализация молекулы белка

Сверху расположено фиолетовое окно, в котором загружен кристаллический иммуноглобулин G1 (PDB ID: "5JII") иммуной системы человека.

Иструкция по использованию:

Изначально в окне загружен никак не покрашенный белок. При нажатии кнопки "START" запустится скрипт, который будет раскрашивать молекулу. Чтобы перейти к следующей раскраске нажмите кнопку "RESUME". Чтобы вернуться к изначальной модели белка, нажмите кнопку "RELOAD"

Раскраски:

1. Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по цепочкам.

2. Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по вторичной структуре.

3. Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по вторичной структуре и изображение шаро-стержневой модели лиганда с раскраской по химическим элементам.

4. Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов с раскраской по химическим элементам.

5. Изображение остова одной альфа-спирали с обозначением водородных связей.

6. Изображение двух бета-тяжей с обозначением водородных связей между ними.

Ссылка на скрипт

Исследованные мной параметры водородных связей в альфа-спиралях и бета-тяжах белка лежат в небольшом диапазоне значений: длина связи 2,86 - 3,13(A) и угол N-O-C 103,3 - 170,0(°). Подробнее в таблице 1. Исходя из теоретических данных о водородных связях, их длина приблизительно составляет 2.6 - 3.5(A), а угол стремится к развернутому (180 (°)), при котором достигается максимальная сила связи. Все это согласуется с почти полученными практическими данными. Отличие реальных значений угла от идеального можно объяснить взаимным влиянием многих других атомов в молекуле белка, в связи с чем, наиболее энергетически выгодная конфигурация достигается при не самых больших значениях водородной связи.

Таблица 1. Углы в альфа-спиралях и бэта-тяжах.
Имена атомов	Длина связи(A)	Угол связи N-O-C (°)
Альфа-спирали
N(312ASP)-O(309LEU)	2,97	120,5
N(313TRP)-O(309LEU)	3,12	170,0
N(314LEU)-O(310HIS)	3,13	159,9
N(315ASN)-O(311GLN)	2,92	149,9
N(311GLN)-O(315ASN)	3,03	103,3
Бета-тяжи
N(239SER)-O(264VAL)	2,99	130,1
N(264VAL)-O(239SER)	2,86	158,7
N(241PHE)-O(262VAL)	2,87	160,8
N(262VAL)-O(241PHE)	2,91	163,2
N(243PHE)-O(260THR)	2,91	150,2