Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/CC 4.24( 2.95) 0.00( 0.00) 0.19( 0.00) 0.39( 0.00) 4.82( 2.95) 2 GG/CC 3.73( 2.42) 0.00( 0.00) 0.44( 0.00) 0.15( 0.00) 4.32( 2.42) 3 GG/CC 3.92( 2.54) 0.00( 0.00) 0.41( 0.00) 0.00( 0.00) 4.32( 2.54) 4 GU/AC 6.54( 3.63) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.14( 2.56) 10.67( 6.19) 5 UA/UA 0.99( 0.09) 0.00( 0.00) 1.29( 1.04) 0.16( 0.00) 2.43( 1.13) 6 AC/GU 1.82( 0.78) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.19( 3.15) 8.01( 3.93) 7 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.16( 3.35) 0.00( 0.00) 6.16( 3.35) 8 GA/UC 4.25( 2.45) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.19( 0.93) 7.44( 3.38) 9 AG/CU 3.91( 3.53) 0.00( 0.00) 0.14( 0.00) 0.01( 0.00) 4.07( 3.53) 10 GG/CC 2.66( 1.16) 0.00( 0.00) 1.92( 0.11) 0.00( 0.00) 4.58( 1.27) 11 GU/AC 6.35( 3.70) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.74( 2.68) 12.09( 6.38) 12 UU/GA 3.81( 1.83) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.48( 2.48) 8.29( 4.31) 13 UA/UG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 14 AU/UU 4.76( 1.35) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.85( 3.17) 10.62( 4.52) 15 UU/AU 2.07( 0.74) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.12( 3.41) 7.19( 4.15) 16 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.71( 1.19) 2.71( 1.19) 17 CC/GG 0.01( 0.00) 0.00( 0.00) 1.39( 0.00) 3.13( 1.62) 4.53( 1.62) 18 CG/CG 0.59( 0.00) 0.00( 0.00) 4.11( 1.37) 0.40( 0.00) 5.10( 1.37) 19 GG/CC 1.95( 0.57) 0.00( 0.00) 0.93( 0.00) 0.16( 0.00) 3.04( 0.57) 20 GC/AC 6.70( 3.73) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.56( 3.63) 12.26( 7.36) 21 CG/CA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.15( 0.00) 1.40( 0.80) 1.55( 0.80) 22 GC/GC 4.71( 1.81) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.10( 3.04) 10.81( 4.85) 23 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.76( 0.00) 2.89( 1.35) 3.64( 1.35) 24 CA/AG 2.40( 0.85) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.40( 0.85) 25 AA/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.86( 3.82) 4.86( 3.82) 26 AG/CA 5.28( 2.75) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.32( 2.90) 11.59( 5.65) 27 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 28 GU/UC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) ****************************************************************************