Банки НК
Характеристика качества сборки генома эукариотического организма
Hypsibius dujardini — вид тихоходок. Длина 220—300 мкм. Живёт на влажных, затенённых, поросших мхом поверхностях почвы. Питается в основном бактериями. Как и все тихоходки экстремофил: переносит как температуру более 100 °C, так и близкую к абсолютному нулю. Выдерживает рентгеновское излучению почти до 570000 рентген. Может долго обходиться без влаги. Переходит в стадию эндоспоры (метаболизм снижается) в экстримальных условиях. Размножается партеногенезом. Геном Hypsibius dujardini был расшифрован путём секвенирования. В период размножения (около 13—14 дней) при комнатной температуре имеют компактный геном. Hypsibius dujardini можно культивировать непрерывно в течение многих десятилетий и они могут быть подвергнуты криоконсервации => геном этого животного является удобной моделью.[1]
| Имя сборки: |
ASM157998v1 |
| RefSeq: |
GCA_001579985.1 |
| Уровень сборки: |
Scaffold |
| Общая длина: |
182,155,491 |
| Число скэффолдов: |
14,960 |
| Scaffold N50: |
17,214 |
| Scaffold L50: |
3,119 |
| Число контигов: |
15,433 |
| Contig N50: |
16,753 |
| Contig L50: |
3,224 |
| PubMed |
DOI: 10.7717/peerj.1839 |
| Контиг |
LRSR01000001.1 |
Поиск последовательности CDS одного из прокариотических вирусов
Поиск был проведён на сайте https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Использовался запрос "(("Myoviridae"[Organism]) AND 60000:70000[Sequence Length]) AND complete genome ". По этому запросу найдено 225 записей (171 записей в GenBank и 50 записей в RefSeq). CDS последовательности были получены с помощью меню "send to file" -> "coding sequences" -> format "FASTA Nucleotide"
| Информация о геноме Pseudomonas phage PaGU11 |
| AC |
AP018815 |
| Название вируса |
Bordetella phage Pseudomonas phage PaGU11 |
| TaxID |
2203191 |
| Тип генома |
Линейная двухчепочечная ДНК (linear dsDNA) |
| Хозяин вируса |
Бактерия Pseudomonas |
| Последовательности, кодирующие белки |
CDS |
Описание нескольких ключей, используемых в таблицах особенностей
| CDS |
Кодирующая последовательность |
AC: AP018815 |
CDS complement(6..308)
/locus_tag="H6S67_gp01"
/old_locus_tag="PaGU11_00001"
/note="similar to PHAGE_Pseudo_vB_PaeM_PAO1_Ab27_NC_026586
: hypothetical protein"
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="hypothetical protein"
/protein_id="YP_009913841.1"
/db_xref="GeneID:58556975"
/translation="MTKQVQIEVTNLDEAFVQHLLAGGHLFDVDDYEVADRILLEVDG
EQMVQFELNAALWNMEVMGITMDIDSDEFADELQDWVESKVNFAFEEWLSADEGEE"
|
| source |
Идентифицирует биологический источник указанного диапазона последовательности |
AC: AP018815 |
source 1..65554
/organism="Pseudomonas phage PaGU11"
/mol_type="genomic DNA"
/strain="PaGU11"
/host="Pseudomonas aeruginosa"
/db_xref="taxon:2203191"
/country="Japan"
/collection_date="2018-02-19"
/note="Bacteriophage PaGU11 was isolated from soil by
using Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 as a host
bacterium. Soil was mixed with Phage Buffer, and then
centrifuged and filtrated with 0.22 um filter. Filtrated
sample and host bacteria were added to soft agar, poured
onto LB plate, and incubated at 37 Degrees C to see phage
plaques."
|
| exon |
Область генома, которая кодирует часть сплайсированной мРНК |
AC: CAJNOR010001035 |
exon complement(3785..4674)
/locus_tag="XAT740_LOCUS16299"
/note="ID:nbis-exon-224673;
source:AUGUSTUS"
|
| gene |
Область биологического интереса, идентифицированная как ген и которой присвоено имя |
AC: AP018815 |
gene complement(6..308)
/locus_tag="H6S67_gp01"
/old_locus_tag="PaGU11_00001"
/db_xref="GeneID:58556975"
|
| intron |
Сегмент ДНК, который транскрибируется, но удаляется из транскрипта путем соединения последовательностей (экзонов) по обе стороны от него |
AC: CAJNOR010001035 |
intron complement(4675..4741)
/locus_tag="XAT740_LOCUS16299"
/note="ID:intron-78725;
source:AUGUSTUS
|
|