Выравнивание геномов
Построение нуклеотидного пангенома
Были выбраны геномы штаммов Bacillus subtilis: Bacillus subtilis str. SP1 (CP058242.1), Bacillus subtilis str. HJ0-6 (CP016894.1), Bacillus subtilis str. CW14 (CP016767.1)
Был создан файл genomes.tsv для дальнейшей обработки командами ниже
| Команды |
|
|
|
| npge -g npge.conf |
Cоздать файл с параметрами, которые можно изменить (WORKERS = 1) |
| npge Prepare &> log_prepare |
Скачать и переименовать геномные ДНК (log_prepare) |
| npge Examine |
Создать файл identity_recommended.txt с оценкой сходства геномов, чтобы затем изменить параметр MIN_IDENTITY на 0.84: |
| npge MakePangenome &> log_make |
После изменений параметров запустить построение нуклеотидного пангенома (параметр MIN_REL_DISTANCE = Decimal('0.001')): (log_make) |
| npge PostProcessing |
Создать файлы с аналитической информацией о пангеноме: |
Итоговые файлы:
Описание всех мутаций в блоках: mut.tsv
Таблица характеристик блоков: pangenome.bi
Стабильное ядро нуклеотидного пангенома
Число s-блоков: 483
Размер нуклеотидного ядра (процент нуклеотидов в ядре от общего числа): 84.66%
Процент числа колонок в объединенном выравнивании s-блоков от суммарного числа колонок во всех блоках: 72.86%
Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков: 93,0735%
Описание крупных делеций
| Штамм |
Имя блока |
Длина делеции |
Имена генов |
| SP1 |
h2x6597 |
6597 |
8195 CDS BSHJ0_03790 Dolichyl-phosphate beta-D-mannosyltransferase (HJ), 1905 bp <
11941 CDS BCV50_15875 glycosyltransferase (CW), 1905 bp <
11940 CDS BCV50_15870 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase (CW), 1488 bp <
|
| HJ0-6 |
h2x1908 |
1908 |
922 CDS HWV68_04620 TetR family transcriptional regulator (SP), 618 bp <
10425 CDS BCV50_08295 TetR family transcriptional regulator (CW), 618 bp <
925 CDS HWV68_04625 MFS transporter (SP), 1254 bp <
|
| CW14 |
h2x14255 |
14255 |
2214 CDS HWV68_11070 hypothetical protein (SP), 915 bp <
6320 CDS BSHJ0_01915 SPBc2 prophage-derived uncharacterized protein (HJ), 915 bp <
2213 CDS HWV68_11065 ATP-binding protein (SP), 972 bp <
|
Перестановка синтений в g-блоках
Для того, чтобы узнать, какие перестановки синтений (g-блоков) произошли была использована утилита qnpge, которая визуализировала расположение блоков. В качестве примера синтении можно увидеть блок g3x282 у штамма CW14 блок g3x282 переместился с 72 позиции на 118 по-сравнению с другими штаммами.
|
