Базы данных

Список ID

В этом практикуме использовался выданный список ID белков, который можно посмотреть здесь. В дальнейшем этот список пробивался по разным базам данных с девизом "А почему бы и нет?".

GO

В первую очередь была использнованна база данных c мотивирующим названием GO (а вообще Gene Ontology). Поиск был запущен с параметрами "Homo sapiens" и "biological process". Результат представлен на рисунке ниже:

Рис 1.: Результат в GO

Большинство выданных белков участвуют в процессах бета-окисления жирных кислот, так же есть немного белков, учавствующих в метаболическом процессе карнитина.

STRING

После очередь наступила для базы данных STRING для красивого графа. Поиск проводился в разделе Multiple proteins. Граф представлен ниже:

Рис 2.: Граф STRING. Ниже предствленна легенда цветов:

В целом все связи графа между белками подтверждены либо из курируемой базы данных (голубая линия), либо эксперементально (лиловая линия). Единственное исключение составляет связь между AMACR и HSD17B10, где слияние генов белков не подтвержнено ни эксперементально, ни базами данных (возможная тема для исследования учёными в будущем).

В разделе Analysis есть информация об участии в биологических процессах и о молекулярных функциях:

Рис 3.: Таблицы с биологическими процессами и молекулярными функциями.

Про участие большей части белков в процессах бета-окисления жирных кислот упоминалось выше, здесь же можно заметить что не мало белков могут иметь каталитическую и оксидоредуктазную активность.

В режиме Viewers есть раздел Cooccurence. В нём можно посмотреть на появление белков в разных организмах:

Рис 4.: Появление белков в разных организмах.

Интересно, что у Pongo abelii (Суматранский орангутан) слабая схожесть с геном белка ACADL (митохондриальная дегидрогеназа, спецефичная к длинным цепям). Тем не менее, при поиске ""Pongo abelii"[]Organism AND ACADL" в NCBI по белковым базам данных находится некий LOW QUALITY PROTEIN: long-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial [Pongo abelii], что скорее всего означает, что белок просто плохо выделели, поэтому в STRING он не нашёлся.