Критерии выбора:
Для начала, я искала среди записей UniProtKB reviewed: так как моя бактерия мало аннотирована неавтоматически, это мне показалось логичным критерием отсечь белки, о которых неизвестно ничего. Из оставшихся 222 белков я взяла самый короткий энзим (не хотела субъединицу, рибосомный белок, аминоацил-тРНК-синтазу, которые в основном представляли короткие UniProtKB reviewed записи)
(organism_id:402612) AND (reviewed:true) AND "catalytic activity"
Annotation score - 3/5, но это неплохо и все необходимые данные есть.
Функция:
Белок катализирует реакцию превращения детиобиотина в биотин, добавляя атом серы по радикальному механизму:
Кофакторы: [2Fe-2S] cluster, [4Fe-4S] cluster.
Другие лиганды: S-adenosyl-L-methionine.
Функционирует в качестве гомодимера.
Расширенный поиск:
По запросу (existence:3) AND (ec:2.8.1.6) найдено 585 reviewed и 26197 unreviewed записей, из них к radical SAM superfamily принадлежат только 26182 unreviewed записей, значит, скорее всего, просто те 15 не аннотированы.
А если искать биотин-синтазы, получается 25226 results, среди которых 25155 принадлежат к radical SAM superfamily
С запросом (family:"radical SAM superfamily") - белков, относящихся к тому же семейству - был найден пептид из 5ти аминокислот (MAHSS), по схожести определенный осуществляющим эту же реакцию, это просто фрагмент
Всего у F. psychrophilum 2430 белков, принадлежащих radical SAM superfamily.
Порядок логических вычислений в поиске линейный, скобки можно писать на уровне поисковой строки.