-
| Protein Name | ID_1 | ID_2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | InDels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase Der | DER_ECOLI | DER_BACSU | 824.0 | 36.1% | 56.2% | 60 | 6 |
| N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase | NAGA_ECOLI | NAGA_BACSU | 404.5 | 29.9% | 46.5% | 26 | 9 |
| UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase | MURE_ECOLI | MURE_BACSU | 809.0 | 36.9% | 53.5% | 51 | 11 |
| Protein Name | ID_1 | ID_2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | InDels | Coverage_1 | Coverage_2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| GTPase Der | DER_ECOLI | DER_BACSU | 831.5 | 38.7% | 60.2% | 30 | 3 | 92.45% | 97.9% |
| N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase | NAGA_ECOLI | NAGA_BACSU | 329.0 | 25.8% | 46.2% | 77 | 13 | 96.6% | 94.44% |
| UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase | MURE_ECOLI | MURE_BACSU | 817.0 | 38.3% | 55.5% | 37 | 7 | 97% | 95.3% |
| Alignment type | ID_1 | ID_2 | Score | Identity | Similarity | Gaps | InDels | Coverage_1 | Coverage_2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Local | DER_ECOLI | MURE_BACSU | 75.5 | 20.5% | 32.7% | 134 | 20 | 56.5% | 75.1% |
| Global | DER_ECOLI | MURE_BACSU | 63.0 | 25.0% | 46.2% | 342 | 29 | - | - |
Количество гэпов составляет около половины длины выравнивания, а общий счет не доходит и до ста. Довольно большой процент сходства в случае глобального выравнивания, но количество гэпов всё равно ужасно. Совпадение 20 и 25% близко к случайному.
Для UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase (УДФ-N-ацетилмурамоил-L-аланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат-лигазы) найдено 592 записи в Swiss-prot. Я выбрала MURE_STAAB, MURE_STRPQ, MURE_MAIZE, MURE_THEMA, MURE_ARATH - просто потому, что были сверху в выдаче. Выравнивание сделано через Jalview. Видны кластеры 245-255, 266-698 (за исключением 300-305, 330-334, 404-408; делеция 446, 470-471, 610-611, 670), 720-786 (делеция 738). Длинная линкерная последовательность на N-конце. Эволюционная консервативность лежит в основе работы Alphafold и заметно отражается на укладке: на месте хорошо выровненных участков выдается высокая достоверность. Таким образом, места высокого сходства этих пяти последовательностей можно экстраполировать на участки сходства все