Betagamma-crystallin domain from Flavobacterium johnsoniae

PDB id: 3HZB

Организм: Flavobacterium johnsoniae UW101

UniprotKB: A5FC88

Predicted carbohydrate binding protein

-

3HZB
Общая структура белка

Это асимметричный тетрадоменный металл-связывающий белок, относящийся к семейству бета-гамма кристаллинов. Каждый домен содержит две цепи с укладкой "греческий ключ" из бета-слоев.

Все восемь цепей одинаковые по последовательности; мутаций нет и модифицированных аминокислотных остатков нет

90 аминокислот: DVITVYKDCNYTGFSGGLTIGDYNLARLNSLGVLNDDISSLRITQG
YQAILYQDDNFGGASTVINSDNSCLNTTWNDKVSSIRVIANGTT

Secondary_structure
Вторичная структура: бета-тяжи обозначены серым, альфа-спирали - красным, а линкерные петли голубые.

Укладка греческий ключ содержит четыре антипараллельных бета-тяжа и их линкерные петли, среди которых самая длинная соединяет первую и четвертую.

Белок работает с ионом кальция (CALCIUM ION, CA): он взаимодействует электростатически с отрицательно заряженными аминислотами

Calcium_ion
Окружение иона кальция.

Видно, что ион кальция окружен депротонированными хвостами аспартатов (атомы кислорода показаны красным), серином и карбоксильными группами лизина и глутамина.

TITL 2 MOTIF FOR BINDING CALCIUM

Внутрибелковые взаимодействия

H-bonds_global
Водородные связи в остове белка.

Это фрагмент "греческого ключа" с бета-тяжами, водородные связи возникают между цепями слоя.

H-bonds_local
Водородные связи в радикалах аминокислот.

В том же фрагменте нет водородных связей между боковыми остатками аминокислот (они находятся вне плоскости слоя), но ближе к линкерному участку водородные связи держат аргинин-83 (в качестве акцептора и донора соответственно) рядом с тирозином-52 и аспарагином-22.

Briges
Солевые мостики не обнаружены.

Разноименные заряды слишком разнесены.

Disulphide_bonds
Дисульфидные связи.

Дисульфидные связи представлены в каждой цепи между серином-9 и серином-70 (показано на примере цепи D).

Stacking
Стекинг-взаимодействия отсутствуют.

Наименьшее расстояние между ароматическими кольцами - 6.5 ангстрем, это слишком много для образования стекинга.