Задание 1
Я выбрала как организм манула из-за их вечнонедовольного характера и кучи связанных мемов. К счастью, сборка генома имеется, и довольно приличная.
Ищу по латинскому названию в NCBI, выдает две сборки:
У манулов 38 хромосом, в моей сборке лежит гаплоидный геном, имеется 23 скаффолда. Уровень референсной сборки GCA_028564725.2 - Chromosome (это ниже, чем геномный, но тоже хорошо). Вторая сборка - вторая часть гаплоидного генома, но там качество хуже. Материал взяли из клеток крови 5-летнего кота, в сборку входит Y-хромосома, секвенировали нанопором.
Сборка репрезентативная - это означает, что она подходит для понимания организации генома этого вида, но недостаточна хороша, чтобы считаться образцовой.
Задание 2
Информация о выбранной сборке
| Характеристика | Значение |
|---|---|
| Идентификатор GenBank | GCA_028564725.2 |
| Идентификатор RefSeq | - |
| Общий размер генома | 2.5 Gb |
| Scaffold N50 | 151.9 Mb |
| Scaffold L50 | 7 |
| Contig N50 | 118.2 Mb |
| Contig L50 | 8 |
N50 - длина контига, с учетом которого все бОльшие покрывают половину сборки. Мне кажется, это маловато, геном аж в 16 раз больше длины контига, и нанопор позволяет секввенировать более длинные последовательности.
L50 - номер этого контига (упорядочены по длине от большего к меньшему), то есть минимальное количество контигов, покрывающих половину генома. В совокупности эти данные свидетельствуют, что имеются 7 контигов размера 150-200 мегабаз, все остальные меньше.
Информация взята отсюда.