Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Построение локального древа для нескольких бактерий из совокупности.

-

Изображение общего древа:
Общее древо

Я выбрала эти восемь бактерий для дальнейшей работы:

Имя бактерииМнемоникаТаксономия
Yersinia pestisYERPEcellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Serratia proteamaculansSERP5-//-; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
Proteus mirabilisPROMH-//-; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus
Neisseria meningitidisNEIMAcellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Pasteurella multocidaPASMU-//-; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
Agrobacterium fabrumAGRFC-//-; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
Aromatoleum aromaticumAROAE-//-; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Rhodocyclales; Rhodocyclaceae; Aromatoleum
Burkholderia malleiBURMA-//-; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; pseudomallei group
Изображение общего древа с отмеченными выбранными бактериями

Скобочная формула: (((((SERP5,YERPE),PROMH),PASMU),((BURMA,AROAE),NEIMA)),AGRFC);

Полученное древо
Нетривиальные ветви:

{SERP5, YERPE} vs {PROMH, PASMU, AGRFC, NEIMA, BURMA, AROAE}, первая из них соответствует таксону Yersinia

{SERP5, YERPE, PROMH} vs {PASMU, AGRFC, NEIMA, BURMA, AROAE}, первая принадлежит кладе Enterobacterales

{SERP5, YERPE, PROMH, PASMU} vs {AGRFC, NEIMA, BURMA, AROAE}, первая ветвь входит в Gammaproteobacteria

{SERP5, YERPE, PROMH, PASMU, AGRFC} vs {NEIMA, BURMA, AROAE}, вторая ветвь входит в кладу Betaproteobacteria

{SERP5, YERPE, PROMH, PASMU, AGRFC, NEIMA} vs {BURMA, AROAE}, здесь никакая ветвь не выделяется в какую-либо кладу.

Клада Pseudomonadota для всех них общая.