Скачала лист последовательностей - их 30 штук.
1) GO.
Первым делом отсортируем по p-value. Первыми в выдаче оказываются белки связанные с glucuronidation - это процесс навешивания глюкуроновой кислоты на субстрат.
Также можно наблюдать высокую представленность ассоциаций со вторичным метаболизмом: синтез флавоноидов, лактонов, конъюгации билирубинов, водорастворимых витаминов.
Рассмотрим подробнее, как наш сет связан с glucuronate metabolic process: вовлечены 20 белков из 30, представленность >100. Всего к этой молекулярной функции в GO относится 279 аннотированных белков.
Для этих 20 последовательностецй известна молекулярна я функция:
Фиолетовым обозначены белки связывающие, а красным - с каталитической активностью.
Также известен биологический процесс:
Дальше молекулярный путь:
Очень интересно, около четверти белков занимаются деградацией никотина. Для остальных функция не известна, это грустно.
Получается, мы изучили специфичекий пул белков, которые, с одной стороны, связаны с каким-то вторичным метаболизмом, с другой - в большинстве вовлечены в присоединение глюкуроновой кислоты.
Напрашивающийся вывод - белки так или иначе связаны с глюкуронированием, которое выполняет регуляторную функцию по отношению к вторичному метаболизму (синтез флавоноидов, ретиноидов, пигментов, деградация никотина, метаболизм витаминов) и синтез жирных кислот (и стероидов, типа эстрогенов)
2) The Human protein atlas.
Взяла для анализа один белок - MIOX (ALDRL6), Myo-inositol oxygenase. Страничка в атласе про этот белок.
Видим, что обнаружен на белковом уровне, что хорошо, нет связей с другими белками, и экспрессируется исключительно в почечных канальцах. Он участвует в межклеточных контактах - может, он вносил вклад в множественные ассоциации с глюкуроновой кислотой, обнаруженые в GO.
Этот белок является оксидоредуктазой, связывает металл в активном центре. "Enables ferric iron binding activity and inositol oxygenase activity. Involved in inositol catabolic process. Predicted to be located in cytoplasm and inclusion body" - из Entrez.
Очен приятно работать с этой базой, так как подробная информация конкретно по белку - она выдает много ассоциаций с биологическими процессами.