База данных OPM

Таблица 1. 5XPD

Толщина гидрофобной части белка в мембране	31.4 ± 1.0 А
Координаты трансмембранных спиралей	Subunits: 1 1( 8- 29), 2( 46- 63), 3( 69- 89), 4( 101- 124), 5( 132- 153), 6( 167- 186), 7( 190- 212)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали	20.4
Положение	Трансмембранный у эукариот

Таблица 2. 2erv

Толщина гидрофобной части белка в мембране	24.7 ± 1.8 A
Координаты трансмембранных спиралей	Subunits: 1 1(2-9),2(15-24),3(37-48),4(58-70),5(76-88),6(102-114),7(118-127),8(141-148)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали	10
Положение	Наружная мембрана у грамм-отрицательных бактерий

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Выдачи TMHMM и Phobius практически ничем не отличаются между собой. Белок представляет собой 7 трансмембранных альфа-спиралей. Относительно настоящих данных, ни TMHMM, ни Phobius не "придумали" и не "потеряли" никаких структурных элементов белка. Ближе к реальной оказалась выдача TMHMM.

Информация была получена с помощью сервиса TMHMM.

# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 293
# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs:  7
# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 151.19086
# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs:  38.79965
# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in:        0.06817
# 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	     1     9
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    10    32
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	    33    44
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    45    62
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	    63    71
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    72    94
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	    95   105
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   106   125
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   126   134
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   135   157
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   158   163
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   164   186
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   187   190
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   191   213
5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   214   293

Первые несколько строк дают некоторую статистику:
Длина: длина последовательности белка.
Количество прогнозируемых ТМГ: количество прогнозируемых трансмембранных спиралей.
Эксп число АА в ТМГ: ожидаемое количество аминокислот в трансмембранных спиралях. Если это число больше 18, очень вероятно, что это трансмембранный белок (ИЛИ есть сигнальный пептид).
Эксп. Число, первые 60 AA: ожидаемое количество аминокислот в трансмембранных спиралях из первых 60 аминокислотах белка. Если это число достаточно большое, есть вероятность, что предсказанная трансмембранная спираль в N-конец может быть сигнальным пептидом. (В нашем случае число достаточно большое, поэтому с большой вероятностью -конец является сигнальным пептидом)
Общая вероятность N-в: Общая вероятность того, что N-конец находится на цитоплазматической стороне мембраны.
ВОЗМОЖНАЯ N-конечная сигнальная последовательность: предупреждение, которое выдается, когда «число Exp, первые 60 AA» больше 10.
Последующие несколько строк сообщают а номерах аминокислотных остатков, располагающихся с наружной/внутренней стороны мембраны или непосредственно внутри

Рисунок 1. Графическая выдача сервиса TMHMM для белка 5XPD.

На ось абсцисс нанесены номера аминокислотных остатков, на ось ординат нанесены вероятности данного остатка находиться либо непосредственно в самой мембране (красная линия), либо снаружи клетки (фиолетовая линия), либо внутри клетки(синяя линия).

Сервис TMHMM предсказал все TMHs, для всех доменов, с небольшими отличиями от референса.

Информация была получена с помощью сервиса Phobius

Prediction of 5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE

ID   5XPD:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT   TOPO_DOM      1      5       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM      6     26       
FT   TOPO_DOM     27     45       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     46     63       
FT   TOPO_DOM     64     68       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     69     93       
FT   TOPO_DOM     94    104       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    105    127       
FT   TOPO_DOM    128    132       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    133    152       
FT   TOPO_DOM    153    163       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    164    185       
FT   TOPO_DOM    186    196       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    197    216       
FT   TOPO_DOM    217    293       CYTOPLASMIC.

Рисунок 2. Графическая выдача сервиса Phobius для белка 5XPD.

На ось абсцисс нанесены номера аминокислотных остатков, на ось ординат нанесены вероятности данного остатка находиться либо непосредственно в самой мембране (серая линия), либо снаружи клетки (синяя линия), либо внутри клетки (зеленая линия). Сигнальная последовательность отмечена красным.

Сервис Phobius предсказал все TMHs, для всех доменов, с небольшими отличиями от референса.

База данных TCDB

К сожалению, ни один из белков не был найден в этой базе данных :(.