Для первого задания была дана структура 5REK. На представленной картинке (Рис. 1) можно увидеть лиганд T1Y,а также остаток ASN142, с которым, по-видимому, образуется водородная связь (точнее, между NH2-группой и F-атомом лиганда).
Файл сессии можно скачать по ссылке
Задание 2. ЭП: хорошая и плохая расшифровки
Для данного задания были даны две структуры одного и того же белка: 6ETK и 1CJQ. Самые первые вещи, которые бросаются в глаза при загрузке структур это то, что 1) у структуры 1CJQ почти нет воды, что скорее всего связано с плохим разрешением и 2) у структуры 1CJQ обозначено 2 разные цепи, тогда как структура 6ETK состоит из одной. Это опять же может на мекать на более хорошее разрешение структуры 6ETK. Более того, белковая последовательность в структуре 6ETK является протонированной (что может быть связано с подготовкой препарата, а не разрешением). Для сравнения электронной плотности возьмем участок 46-52 с уровнем обрезки 2.0 и carve = 2.0 для 1CJQ (Рис. 2)и 1,3 для 6ETK (Рис. 3)
Сразу же становится заметна разница в разрешении: ЭП структуры 1CJQ напоминает сплошную обертку, на которой невозможно точно различить разные атомы, кроме того, некоторые атомы на плотности не обозначены. ЭП структуры 6ETK с другой стороны представлена в виде хорошо различимых сфер, в которые хорошо ложаться атомы. Действительно, по предварительным прикидкам, которые подтверждаются записью в PDB, разрешение 1CJQ равно 3Å, а 6ETK - 0.85 Å. Кроме того, если глянуть графу Experiment, то можно заметить значительные различия в проведении эксперимента: например, 6ETK охлаждали до 100К, тогда как 1CJQ измеряли при комнатной температуре, что могло повлиять на точность ЭП. Во-вторых, у 6ETK источник излучения - синхротронная установка, которая намного мощнее, чем "ROTATING ANODE" у 1CJQ.
Задание 3. ЭП и положение в структуре
>
Для этого задания была дана структура 5REK.
Первыми свой mesh "теряют" более подвижные части белка - некоторые петли и хвосты и в меньшей степени вторичная структура.
Подвижность можно проверить с помощью покраски по B-фактору. (Рис. 4-6) (самые подвижные структуры обозначены красным цветом)
Задание 4. ЭП и типы атомов
>Для этого задания была дана структура 5REK.
| Уровень подрезки | Атомы |
| 0,5 | Все |
| 1 | F, S, O, N, O2, бензольное кольцо |
| 1,5 | F, S, O, N, O2, частично SG Cys145 |
| 2 | SG, O2, S |
| 3 | SG |
Чем больше электронов у атома, тем большую электронную плотность он дает, что можно увидеть смотря на атомы серы, которые видно даже на уровне 3. Из этого можно еще предположить, что двойные связи и другие структуры со скоплением электронов также будут давать ЭП на больших уровнях подрезки. (Рис. 7-11)
