На главную страницу первого семестра.

Описание пространственной структуры N-ацетил-L-глутаматкиназы по данным банка PDB, код 1oh9




Общая характеристика структуры белка.


N–Acetyl–L–glutamate kinase – α/β белок, с открытым, смешанным β–листом с преобладанием
параллельного, состоящего из восьми β–тяжей. Мотив укладки – укладка Россмана.
Повторяющийся мотив вторичной структуры: чередующиеся β–тяж – α–спираль – β–тяж.
Белок – трехслойный сэндвич: α–β–α.
Гидрофобных ядер – кластеров три: один кластер образован центральным параллельным β–листом и верхним слоем α–спиралей, другие два кластера – β–листом и нижним слоем α–спиралей (см. гидрофобные кластеры NAGK.).
Лиганд – связывающие центры расположены на С–конце β – параллельного листа, причем связывающие аминокислоты расположены, в основном, в петельных участках.
Очевидно, это следствие того, что мотив укладки белка может являться общей для целого семейства белков: специфичность фермента к субстрату определяют вариабельные участки петель
(возникающие, возможно, в результате транспозиции генов).





Это общее изображение белка N–ацетил–L–глутамат киназы.
На рисунке подписаны лиганды фермента:
ADP — аденин динуклеотидфосфат: фосфорилирующий кофактор.
MG — ион магния: необходим для катализа.
ALF — тетрафторалюминат ион: структура иона подобна PO43–
NLG — N–ацетил–L–глутамат: субстрат.
Синим цветом выделены альфа-спирали.

Скрипт генерирует общее изображение белка N–ацетил–L–глутамат киназы.

 
echo The hole view of N-acetyl-glutamate kinase
restrict none   # все стерли
background white
wireframe off
select 241a and *.ca
label acetylglutamate kinase
set fontsize 12
set fontstroke 1 #  мзобразили белок в остовной модели
select protein
trace 50
color cpk
select Mg
spacefill
color yellow #  изобразили Mg желтым
label Mg
select adp
wireframe 100
color cyan      # изобразили АДФ голубым
select Adp and *.n3
label ADP
select 1261a
wireframe 100
select 1261a and *.f1
label ALF
select ALF
color magenta     #  изобразили ALF розовым
select 1260a
wireframe 100
select NLG and *.oxt
label NLG
select NLG
color red       # изобразили NLG красным
zoom 150
center mg
echo Protein is made in backbone style with
echo hetero, labeled and colored as:
echo MG in yellow, ADP in cyan, NLG in red, ALF in violet

Если интересует, могу представить полную версию скрипта, генерирующего общее изображение белка и также зоны контакта белка с ADP и NLG.











©Володя Рудько