На главную страницу второго семестра.

Белок ARGB_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL.




Дата 10.02.2006

Задание №1: извлечь из базы данных SwissProt данные об ARGB_ECOLI, изучить их и заполнить таблицу.

Табл. 1. Данные записи базы данных SwissProt P11445.txt




Метка поля

Содержание

Код доступа (Accession number)

AC

P0A6C8;P11445

Идентификатор последовательности в БД

ID

ARGB_ECOLI

Название (краткое описание) белка

DE

Acetylglutamate kinase (EC 2.7.2.8) (NAG kinase) (AGK) (N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase).

Дата создания документа

DT

Создан: 07-JUN-2005

Дата последнего обновления аннотации

DT

07-FEB-2006

Название организма

OS

Escherichia coli.

Полное название таксона

OC

Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.

Длина последовательности

SQ

258 AA

Молекулярная масса белка

SQ

27160

Число публикаций, использованных при создании документа

RN

5

Название журнала с самой свежей публикацией

RL

Structure

Описание вторичной структуры

FT

Описание есть. представляет собой список элементов втричной структуры (спираль: Helix, бета-тяж: Strand; Петля: Loop) с указанными номерами аминокислотных остатков. Также есть описание функционально важных участков: субстрат связывающих участков (SITE) и активного сайта (ACT_SITE) с указанными номерами аминокислотных остатков

Что содержит поле комментариев?

CC

Функция белка в клетке: приведена реакция, катализируемая ферментом; роль в метаболизме: приведена запись о том метаболитическом пути, в котором задействован фермент; данные о четвертичной структуре белка: указание о субъединичном строении фермента; клеточная локализация; принадлежность структуры белка к определенному семейству белков: классификация белка по его структуре.

Какие особенности последовательности указаны?

FT

Номер цепи и кол-во аминокислот в цепи; субстрат-связывающие аминокислоты (их номера); аминокислоты (и их номера) активного сайта

Идентификаторы записей PDB

DR

1GS5; 1GSJ; 1OH9; 1OHA; 1OHB;


На страницу белка в expasy.org

2.Определение, сколько документов в БД UniProt содержит белки с тем же кратким описанием (DE), что и ARGB_ECOLI. Результаты представлены в таблице:

Запрос

число документов в SwissProt

Число документов в TrEMBL

Acetylglutamate kinase

145

197

EC 2.7.2.8

143

122

NAG kinase

151

17

AGK

258

307

N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase

143

1







©Володя Рудько