НА ГЛАВНУЮ

   
• Матрица попарного сходства последовательностей выборки:
  

  29-APR-2005	15:42
  	PDXH ECOLI	PDXH HAEIN	PDX3 SCHPO	PDX3 YEAST	PNPO MOUSE	PNPO RAT	PNPO HUMAN	PDXH SYNY3	PDXH MYXXA	PDXH MYCTU	PDXH MYCLE
  PDXH_ECOLI	100%
  PDXH_HAEIN	42%	100%
  PDX3_SCHPO	38%	32%	100%
  PDX3_YEAST	34%	35%	54%	100%
  PNPO_MOUSE	31%	30%	33%	29%	100%
  PNPO_RAT	30%	31%	33%	29%	97%	100%
  PNPO_HUMAN	31%	30%	34%	29%	90%	89%	100%
  PDXH_SYNY3	40%	40%	37%	33%	31%	31%	31%	100%
  PDXH_MYXXA	33%	30%	29%	29%	31%	31%	31%	38%	100%
  PDXH_MYCTU	32%	30%	28%	28%	26%	26%	26%	36%	25%	100%
  PDXH_MYCLE	32%	33%	32%	31%	29%	28%	29%	36%	26%	65%	100%

  
  * identity этих последовательностей 40-45% — больше не было
  * крысиная и мышиная PNP-Ox совпадают на 97% — но заменить их нечем, и так мало...
  
  Белки с другим названием (PNPO) аткже являются пиридоксамин-5'-
  фосфатоксидазами (Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, EC 1.4.3.5),
  поэтому их тоже можно включить в выборку.
   
  

  Множественное выравнивание белка PDXH_ECOLI и 10 его ортологов (цветом выделены консервативные позиции):                                                                                                                                     *                 2 0                       P D X H _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X H _ H A E I N   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X 3 _ S C H P O   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X 3 _ Y E A S T   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P N P O _ M O U S E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P N P O _ R A T       :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P N P O _ H U M A N   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X H _ S Y N Y 3   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X H _ M Y X X A   :   M A L A G R G S A G D D L D V M A Q R G K R G G E   :     2 5 P D X H _ M Y C T U   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X H _ M Y C L E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       -                                                                                                                                                                                                                   *                 4 0                   *             P D X H _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :       - P D X H _ H A E I N   :   - - - - - - - - - - - - - - - M I L Q P L F Y L R   :     1 0 P D X 3 _ S C H P O   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S E   :       3 P D X 3 _ Y E A S T   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M T K   :       3 P N P O _ M O U S E   :   M T C G L L S V T V T F R R P A K W T G Y L R H L   :     2 5 P N P O _ R A T       :   M T C G L L S V T V T F R R P A K W P G Y F R H L   :     2 5 P N P O _ H U M A N   :   M T C W L R G V T A T F G R P A E W P G Y L S H L   :     2 5 P D X H _ S Y N Y 3   :   - - - - - - - - - - - - - - - M L T A R C E D H Q   :     1 0 P D X H _ M Y X X A   :   G P G H V P Q A P R L G E R G H L R G D E E D I H   :     5 0 P D X H _ M Y C T U   :   - - - - - - - - - - - - - - - - M D D D A Q M V A   :       9 P D X H _ M Y C L E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M A G   :       3                                                                                                                                                                                                                           6 0                   *                       P D X H _ E C O L I   :   - - M S D N D E L Q Q I A H L R R E Y T K G G L R   :     2 3 P D X H _ H A E I N   :   F S S N L K G E K M E L H N I R D E Y T K R V L S   :     3 5 P D X 3 _ S C H P O   :   N T D S T H E K L I F A P S R Y Q Y E K S S L H R   :     2 8 P D X 3 _ Y E A S T   :   Q A E E T Q K P I I F A P E T Y Q Y D K F T L N E   :     2 8 P N P O _ M O U S E   :   C C R G A V M D L G P M R K S Y R G D R E A F E E   :     5 0 P N P O _ R A T       :   C C R G A V M D L G P M R K S Y R G D R E A F E E   :     5 0 P N P O _ H U M A N   :   C G R S A A M D L G P M R K S Y R G D R E A F E E   :     5 0 P D X H _ S Y N Y 3   :   L E D A G F M D G V S L A D L R L N Y T Q G G L I   :     3 5 P D X H _ M Y X X A   :   V R T L T C V P D E S T A K V H T C R A P F M L H   :     7 5 P D X H _ M Y C T U   :   I D K D Q L A R M R G E Y G - P E K D G C G D L D   :     3 3 P D X H _ M Y C L E   :   P D D Q H L S G M R V E Y G S V E K D G S P D L D   :     2 8                                                                                                                                                                                                                 8 0                   *               1 0 0             P D X H _ E C O L I   :   R R D L P A D P L T L F E R W L S Q A C E A K - L   :     4 7 P D X H _ H A E I N   :   Q H D C H E N P I S Q F E Q W Q K E A I H A Q - V   :     5 9 P D X 3 _ S C H P O   :   D A L M G K D P L V L F N Q W F Q E A T D D E G I   :     5 3 P D X 3 _ Y E A S T   :   K Q L T - D D P I D L F T K W F N E A K E D P R E   :     5 2 P N P O _ M O U S E   :   T H L T S L D P M K Q F A S W F D E A V Q C P D I   :     7 5 P N P O _ R A T       :   A H L T S L D P M K Q F A S W F E E A V Q C P D I   :     7 5 P N P O _ H U M A N   :   T H L T S L D P V K Q F A A W F E E A V Q C P D I   :     7 5 P D X H _ S Y N Y 3   :   E A E V A D H P F A Q F H I W L Q Q A I A A E - L   :     5 9 P D X H _ M Y X X A   :   R V M I P P D P I Q R F A E L F E R A K Q A I - A   :     9 9 P D X H _ M Y C T U   :   F D W L D D G W L T L L R R W L N D A Q R A G - V   :     5 7 P D X H _ M Y C L E   :   T D W L Y D G W L T L F C K W I D D A E R A G - V   :     5 2                                         p       f     w       A                                                                                                                                                             *               1 2 0                       P D X H _ E C O L I   :   A D P T A M V V A T V D E - H G Q P Y Q R I V L L   :     7 1 P D X H _ H A E I N   :   N E P T A M N I A T V D E - Q G R P N S R M V L L   :     8 3 P D X 3 _ S C H P O   :   K S P E S T T L S T A R L P S G R V S S R L V L L   :     7 8 P D X 3 _ Y E A S T   :   T L P E A I T F S S A E L P S G R V S S R I L L F   :     7 7 P N P O _ M O U S E   :   G E A N A M C V A T C T R - D G K P S A R M L L L   :     9 9 P N P O _ R A T       :   G E A N A M C L A T C T R - D G K P S A R M L L L   :     9 9 P N P O _ H U M A N   :   G E A N A M C L A T C T R - D G K P S A R M L L L   :     9 9 P D X H _ S Y N Y 3   :   P E P N A M T L S T L S E - E G H P V G R M V L L   :     8 3 P D X H _ M Y X X A   :   V D P N A M V V A T V G D - D G R P S A R V V L L   :   1 2 3 P D X H _ M Y C T U   :   S E P N A M V L A T V A D - - G K P V T R S V L C   :     8 0 P D X H _ M Y C L E   :   A E P N A M V L A T V A N - - G R P V S R S V L C   :     7 5                                   a         3           G   p     R   6 L                                                                                                                                         *               1 4 0                   *             P D X H _ E C O L I   :   K H Y D E K G M V F Y T N L G S - R K A H Q I E N   :     9 5 P D X H _ H A E I N   :   K E V N E Q G F V F F T N Y L S - R K G G C I E H   :   1 0 7 P D X 3 _ S C H P O   :   K E L D H R G F I I F T N L G T S K K A K D L K S   :   1 0 3 P D X 3 _ Y E A S T   :   K E L D H R G F T I Y S N W G T S R K A H D I A T   :   1 0 2 P N P O _ M O U S E   :   K G F G K D G F R F F T N Y E S - R K G K E L D S   :   1 2 3 P N P O _ R A T       :   K G F G K D G F R F F T N Y E S - R K G K E L D S   :   1 2 3 P N P O _ H U M A N   :   K G F G K D G F R F F T N F E S - R K G K E L D S   :   1 2 3 P D X H _ S Y N Y 3   :   K G L D E R G F V F Y T N Y D S - A K G Q Q L T A   :   1 0 7 P D X H _ M Y X X A   :   K D F D A R G F V F Y T N H E S - R K G R E A R A   :   1 4 7 P D X H _ M Y C T U   :   K I L D E S G V A F F T S Y T S - A K G E Q L A V   :   1 0 4 P D X H _ M Y C L E   :   K G A D E A G I I F F T N Y D S - D K G D D L A A   :     9 9                           K           G     f 5 3 n     3     K

  На этой картинке — белок PDXH_ECOLI (по PDB 1g76).   Лиганд показан в виде шариков. Аминокислотные остатки,   находящиеся близко к лиганду (попадающие в область 5 ангстрем   вокруг него) представлены в виде шарнирных моделей.   Зелёным цветом изображены остатки, консервативные во всех   последовательностях; розовым — консекрвативные на 80 %     Почти все аминокислоты в зоне контакта с лигандом консервативны.

  1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                       P D X H _ E C O L I   :   N P R V S L L F P W H T L E R Q V M V I G K A E R L S T L E V M K Y F H S R P R D S Q I G A W V S K Q S S R I S A R G I L E S K F L E - L K Q K F Q Q   :   1 6 9 P D X H _ H A E I N   :   N P Y V A L T F F W P E L E R Q V R I E G K A V K I P A E Q S D K Y F A T R P Y T S R I G A W A S E Q S A V I S N Y K S L L A K A A L - V A A K H P L   :   1 8 1 P D X 3 _ S C H P O   :   N P Y A S L S F W W E P L Q R Q V R V E G I I E R L S R E E T E E Y F K T R P R N S R I G A W A S P Q S E V I A D R E E L E K R V E E Y K K K F G E D   :   1 7 8 P D X 3 _ Y E A S T   :   N P N A A I V F F W K D L Q R Q V R V E G I T E H V N R E T S E R Y F K T R P R G S K I G A W A S R Q S D V I K N R E E L D E L T Q K N T E R F K D A   :   1 7 7 P N P O _ M O U S E   :   N P F A S L V F Y W E P L N R Q V R V E G P V K K L P E K E A E N Y F H S R P K S S Q I G A V V S R Q S S V I P D R E Y L R K K N E E - L G Q L Y Q D   :   1 9 7 P N P O _ R A T       :   N P F A S L V F Y W E P L N R Q V R V E G P V K K L P E K E A E N Y F H S R P K S S Q I G A V V S R Q S S V I P D R E Y L R K K N E E - L G Q L Y R E   :   1 9 7 P N P O _ H U M A N   :   N P F A S L V F Y W E P L N R Q V R V E G P V K K L P E E E A E C Y F H S R P K S S Q I G A V V S H Q S S V I P D R E Y L R K K N E E - L E Q L Y Q D   :   1 9 7 P D X H _ S Y N Y 3   :   H P W A G L V F W W A A L E R Q V R V D G Q V E K I D P A E S D A Y F Q S R P R G S Q L G A W A S P Q S R I V G D R Q E L E D N L A R - W E K Q Y E N   :   1 8 1 P D X H _ M Y X X A   :   H P Y A A L C F Y W Q P L N E Q V R V E G R V E R V T D A E A D A Y F Q S R A R G S Q V G A W A S L Q S Q P L A T R E E L E A R V A E - V E Q K Y A G   :   2 2 1 P D X H _ M Y C T U   :   T P Y A S A T F P W Y Q L G R Q A H V Q G P V S K V S T E E I F T Y W S M R P R G A Q L G A W A S Q Q S R P V G S R A Q L D N Q L A E V T R R F A D Q   :   1 7 9 P D X H _ M Y C L E   :   T P Y A S V T F P W Y Q L G R Q V H I R G P V S T V D P Q V S E D Y W S K R P R G S Q L G A W A S H Q S R P I A S R T A L L D Q L L E V T V R F A D S   :   1 7 4                             P   a       F   W     L   r Q v   6   G         6               Y 5     R p     s   6 G A     S   Q S     6     r     L                                                                                                                                                                                                                                                     *               2 4 0                   *               2 6 0                   *               2 8 0                   *               P D X H _ E C O L I   :   G E V P L - - P S F W G G F R V S L E Q I E F W Q G G E H R L H D R F L Y Q R - - E N D A W K I D R L A P - - - - - - - - - - - - -   :   2 1 8 P D X H _ H A E I N   :   N - V P R - - P D Y W G G Y L V V P E T V E F W Q G R P S R L H D R I R Y R K - - E S D N W I R E R L S P - - - - - - - - - - - - -   :   2 2 9 P D X 3 _ S C H P O   :   E S V P V P V P D F W G G I R I V P L E I E F W Q G G K Y R L H D R F S F R R N T L D E D Y E L V R L A P - - - - - - - - - - - - -   :   2 3 1 P D X 3 _ Y E A S T   :   E D I P C - - P D Y W G G L R I V P L E I E F W Q G R P S R L H D R F V Y R R K T E N D P W K V V R L A P - - - - - - - - - - - - -   :   2 2 8 P N P O _ M O U S E   :   Q E V P K - - P E Y W G G Y I L Y P Q V M E F W Q G Q T N R L H D R I V F R R G L A T G D S P L G P M T H H G E E D W V Y E R L A P   :   2 6 1 P N P O _ R A T       :   Q E V P K - - P E Y W G G Y I L Y P Q V M E F W Q G Q T N R L H D R I V F R R G L A T G D S P L G P M T H H G E E D W V Y E R L A P   :   2 6 1 P N P O _ H U M A N   :   Q E V P K - - P K S W G G Y V L Y P Q V M E F W Q G Q T N R L H D R I V F R R G L P T G D S P L G P M T H R G E E D W L Y E R L A P   :   2 6 1 P D X H _ S Y N Y 3   :   Q S I P R - - P P H W G G F R V I P H R I E F W Q G R P S R L H D R L Q F N L - - L D G Q W H R Q R L A P - - - - - - - - - - - - -   :   2 3 0 P D X H _ M Y X X A   :   Q P V P R - - P P H W S G F R V V P D R I E F W H A Q E S R L H D R H V Y L R - - E D G G W R T Q M L Y P - - - - - - - - - - - - -   :   2 7 0 P D X H _ M Y C T U   :   D Q I P V - - P P G W G G Y R I A P E I V E F W Q G R E N R M H N R I R V A N G R L E R L Q P - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 2 4 P D X H _ M Y C L E   :   E L I P L - - P P N W G G Y L I V P E V V E F W Q G R E N R V H N R I R V T G G C I E R L Q P - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :   2 1 9                               6 P       P     W g G     6   p     6 E F W q g       R 6 H 1 R