НА ГЛАВНУЮ

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

  • Матрица переходов строилась для последовательности, состоящей из первых четырёх аминокислот (SDND) белка пиридоксамин-5'-фосфатоксидазы PDXH_ECOLI (из Escherichia coli — кишечной палочки), и последовательности SEQFD, полученной путём замены в вышеназванной D на E, N на Q и вставки F

  • Параметры построения матрицы следующие:
    • вес совпадения — 2
    • вес замены — -1
    • штраф за делецию — -2
  • Выравнивание, соответствующее оптимальному пути (в матрице выделено жёлтым цветом):
    S D N - D
    |       |
    S E Q F D
  • Вес оптимального пути 0, так как на 2 совпадения приходится 2 замены и 1 гэп (делеция)

    • Локальное выравнивание

    • Эта матрица строилась для последовательности из первых девяти аминокислот SDNDELQQI и последовательности из 2 – 3-й и 7 – 9-й аминокислот того же белка PDXH_ECOLI
  • Параметры построения матрицы — как в предыдущем выравнивании:
    • вес совпадения — 2
    • вес замены — -1
    • штраф за делецию — -2
  • Два оптимальных выравнивания (в матрице выделены светло-оранжевым и тёмно-оранжевым цветом):
    D N
    | |
    D N
    Q Q I
    | | |
    Q Q I
  • Вес оптимального пути 4, вес субоптимального пути 6

    • Влияние параметров на глобальное выравнивание

    Выравниания построены программой NEEDLE
    для аминокислотной последовательности белка PDXH_ECOLI,
    и последовательности, составленной из двух кусочков
    в 11 и 13 аминокислот всё того же белка; использовалась
    матрица весов замен BLOSUM62