Банки данных Swiss-Prot и UniProt

Данные банка Swiss-Prot о белке PDXH.ECOLI

Белок PDXH.ECOLI в банке данных SwissProt

* Метка поля (line code) Запись

Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа
AC

P28225

Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности)
ID

PDXH_ECOLI STANDARD

Название белка, отражающее его функции
DE

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (EC 1.4.3.5) (Пиридоксамин-5'-фосфатоксидаза)

Дата создания документа
DT

01-DEC-1992 (Rel. 24, Created)

Дата последнего исправления аннотации
DT

01-FEB-2005 (Rel. 46, Last annotation update)

Название организма
OS

Escherichia coli
Shigella flexneri

Полное название таксона
OC

Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia

Длина последовательности
SQ

217 aminoasids

Молекулярная масса белка
SQ

25414 а.е.м.

Число публикаций, использованных при создании документа
RN

9

Название журнала с самой свежей публикацией
RL

J. Mol. Biol. 310:817-826(2001)

Описание вторичной структуры
FT

В нём приводятся номера аминокислот, составляющих спирали, тяжи и повороты

Поле комментариев
CC

Содержит сведения о белке: функция; катализируемая реакция; кофактор белка; путь синтеза; четвертичная структура; тип белка

Особенности последовательности
FT

Свидетельство, что метионин является инициирующей аминокислотой; спирали, тяжи и повороты цепи (с номерами их аминокислотных остатков)

Идентификатор файла PDB
DR

PDB; 1DNL; X-ray; A=19-217.
PDB; 1G76; X-ray; A=1-217.
PDB; 1G77; X-ray; A=1-217.
PDB; 1G78; X-ray; A=1-217.
PDB; 1G79; X-ray; A=1-217.
PDB; 1JNW; X-ray; A=1-217.

Результаты поиска в БД UniProt-SwissProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и у белка PDXH.ECOLI

Поисковая система SRS-LION

Таксон	Запрос	Строка запроса	Количество найденных документов
Археи (Archaea)	Description: Pyridoxamine oxidase Taxonomy: Archaea	No entries found - please try again.	0
Археи (Archaea)	Description: Oxidase Taxonomy: Archaea	Query "([swissprot-Description:oxidase] & [swissprot-Taxonomy:Archaea]) " found 21 entries	found 21 entries (не тот белок!)
Археи (Archaea)	Description: Pyridoxamine Taxonomy: Archaea	No entries found - please try again.	0
Бактерии (Bacteria)	Description: Pyridoxamine oxidase Taxonomy: Bacteria	Query "((([swissprot-Description:Pyridoxamine] & [swissprot-Description:oxidase]) \| [swissprot-Description:Pyridoxamine oxidase]) & [swissprot-Taxonomy:Bacteria]) " found 7 entries	found 7 entries (то, что надо)
Эукариоты (Eukaryota)	Description: Pyridoxamine oxidase Taxonomy: Eukaryota	Query "((([swissprot-Description:Pyridoxamine] & [swissprot-Description:oxidase]) \| [swissprot-Description:Pyridoxamine oxidase]) & [swissprot-Taxonomy:Eukaryota]) " found 3 entries	found 3 entries (то, что надо)

*	Метка поля (line code)	Запись
Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа	AC	P28225
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности)	ID	PDXH_ECOLI STANDARD
Название белка, отражающее его функции	DE	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (EC 1.4.3.5) (Пиридоксамин-5'-фосфатоксидаза)
Дата создания документа	DT	01-DEC-1992 (Rel. 24, Created)
Дата последнего исправления аннотации	DT	01-FEB-2005 (Rel. 46, Last annotation update)
Название организма	OS	Escherichia coli Shigella flexneri
Полное название таксона	OC	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Длина последовательности	SQ	217 aminoasids
Молекулярная масса белка	SQ	25414 а.е.м.
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	9
Название журнала с самой свежей публикацией	RL	J. Mol. Biol. 310:817-826(2001)
Описание вторичной структуры	FT	В нём приводятся номера аминокислот, составляющих спирали, тяжи и повороты
Поле комментариев	CC	Содержит сведения о белке: функция; катализируемая реакция; кофактор белка; путь синтеза; четвертичная структура; тип белка
Особенности последовательности	FT	Свидетельство, что метионин является инициирующей аминокислотой; спирали, тяжи и повороты цепи (с номерами их аминокислотных остатков)
Идентификатор файла PDB	DR	PDB; 1DNL; X-ray; A=19-217. PDB; 1G76; X-ray; A=1-217. PDB; 1G77; X-ray; A=1-217. PDB; 1G78; X-ray; A=1-217. PDB; 1G79; X-ray; A=1-217. PDB; 1JNW; X-ray; A=1-217.