Описание модельного филогенетического дерева
Здесь приведена схема дерева (схема A), заданного формулой:(((А:35,В:35):55,(С:40,(D:20,Е:20):20):50):10,F:100);Узлы обозначены красными цифрами, длины ветвей — зелёными
(длины ветвей даны как число мутаций на 100 нуклеотидных остатков)
 |
Дерево является ультраметрическим, поскольку
расстояние от корня (обозначен цифрой 0 ) до любого
листа одинаково и равно 100.
Описание ветвей дерева как разбиения множества
листьев (считая дерево бескорневым):
ветвь (1-2): {A,B}|{C,D,E,F}
ветвь (1-3): {A,B,F}|{C,D,E}
ветвь (3-4): {A,B,C,F}|{D,E}
Изображение дерева как бескорневого "звездообразного":
 |
Изображение дерева как укорененной прямоугольной
кладограммы (длины ветвей не соблюдены):
+-------A
+-----------2
| +-------B
+----1
| | +---------C
| +---------3
| | +----D
| +----4
| +----E
-R1
+------------------------F
Теперь дерево переукореняем в точку R2
Полученное дерево изображено в виде укорененной филограммы.
35
55 +-------A
+-----------2 35
25 | +-------B
+-----1 110
| +----------------------F
-R2 40
| 25 +--------C
+-----3 20
| 20 +----D
+----4 20
+----E
Полученное дерево уже не является ультраметрическим.
Описание ветвей дерева не изменилось:
ветвь (1-2): {A,B}|{C,D,E,F}
ветвь (1-3): {A,B,F}|{C,D,E}
ветвь (3-4): {A,B,C,F}|{D,E}
Скобочная формула полученного дерева:
(((A:35,B:35):55,F:110):25,((D:20,E:20):20,C:40):25);
Построение эволюционной модели
Длина моего гена 651 нуклеотид.
Это то же дерево из схемы A, только длина
ветвей указана как число мутаций в расчете на
полную последовательность гена.
 |
За корневую последовательность взят мой ген,
а мутантные последовательности, соответствующие
всем узлам и листьям дерева, получены с помощью скрипта.
Использовалась программа msbar с параметрами -point 4 и -auto ,
где параметр -point 4 определяет тип мутаций (только замены),
а -auto означает, что остальные параметры будут использованы
по умолчанию.