|
Сравнивались последоватенльности, полученные
в предыдущем задании.
- Истинные эволюционные расстояния рассчитывались
как число внесённых мутаций, то есть как сумма длин
ветвей дерева, соединяющих последовательности.
- Попарные расстояния как доля несовпадающих
нуклеотидов определялись с помощью программы
distmat пакета EMBOSS , выбрав опцию uncorrected .
- Попарные расстояния по формуле Джукса - Кантора
вычислялись той же программой distmat , но используя
опцию Jukes-Cantor .
Далее полученные матрицы были обработаны в Excel
и по полученным данным построен график.
 |
| Имя пары | Истинное
расстояние | Попарные
различия | По методу
Джукса - Кантора |
| root1_bundle1 | 10 | 7,22 | 7,59 |
| bundle4_leafE | 20 | 12,29 | 13,42 |
| bundle4_leafD | 20 | 12,6 | 13,79 |
| bundle3_bundle4 | 20 | 12,9 | 14,16 |
| bundle2_leafA | 35 | 21,66 | 25,56 |
| bundle2_leafB | 35 | 22,12 | 26,21 |
| leafD_leafE | 40 | 22,89 | 27,31 |
| bundle3_leafE | 40 | 23,81 | 28,65 |
| bundle3_leafD | 40 | 23,96 | 28,87 |
| bundle3_leafC | 40 | 25,19 | 30,7 |
| bundle1_bundle3 | 50 | 30,72 | 39,52 |
| bundle1_bundle2 | 55 | 30,26 | 38,75 |
| bundle4_leafC | 60 | 33,18 | 43,81 |
| root1_bundle3 | 60 | 36,1 | 49,23 |
| root1_bundle2 | 65 | 33,79 | 44,92 |
| leafA_leafB | 70 | 37,48 | 51,95 |
| bundle1_bundle4 | 70 | 39,02 | 55,08 |
| leafC_leafE | 80 | 40,86 | 59,03 |
| leafC_leafD | 80 | 42,09 | 61,78 |
| root1_bundle4 | 80 | 43,16 | 64,27 |
| bundle1_leafA | 90 | 41,63 | 60,73 |
| bundle1_leafB | 90 | 42,24 | 62,13 |
| bundle1_leafD | 90 | 45,16 | 69,13 |
| bundle1_leafE | 90 | 45,93 | 71,08 |
| bundle1_leafC | 90 | 48,23 | 77,28 |
| root1_leafB | 100 | 44,39 | 67,22 |
| root1_leafA | 100 | 44,85 | 68,36 |
| root1_leafF | 100 | 49,16 | 79,9 |
| root1_leafD | 100 | 49,31 | 80,35 |
| root1_leafE | 100 | 49,31 | 80,35 |
| root1_leafC | 100 | 51 | 85,45 |
| bundle2_bundle3 | 105 | 47,77 | 75,99 |
| bundle1_leafF | 110 | 50,54 | 84,03 |
| bundle2_bundle4 | 125 | 53,46 | 93,56 |
| bundle3_leafA | 140 | 54,22 | 96,28 |
| bundle3_leafB | 140 | 55,91 | 102,64 |
| bundle2_leafC | 145 | 57,45 | 108,93 |
| bundle2_leafE | 145 | 57,45 | 108,93 |
| bundle2_leafD | 145 | 57,91 | 110,93 |
| bundle3_leafF | 160 | 58,22 | 112,29 |
| bundle4_leafA | 160 | 59,6 | 118,74 |
| bundle4_leafB | 160 | 60,22 | 121,79 |
| bundle2_leafF | 165 | 62,37 | 133,58 |
| bundle4_leafF | 180 | 60,06 | 121,02 |
| leafA_leafC | 180 | 61,44 | 128,3 |
| leafA_leafD | 180 | 61,75 | 130,02 |
| leafA_leafE | 180 | 62,06 | 131,78 |
| leafB_leafE | 180 | 62,37 | 133,58 |
| leafB_leafC | 180 | 62,98 | 137,32 |
| leafB_leafD | 180 | 64,52 | 147,57 |
| leafD_leafF | 200 | 62,83 | 136,37 |
| leafE_leafF | 200 | 63,44 | 140,25 |
| leafB_leafF | 200 | 65,44 | 154,48 |
| leafC_leafF | 200 | 65,59 | 155,69 |
| leafA_leafF | 200 | 67,43 | 172,04 |
|
Естественно, метод Джукса - Кантора оказался более надёжным.
Причём отклонение от истинного расстояния в среднем пропорционально
расстоянию в первой степени. Если же считать расстояние как долю
несовпадающих нуклеотидов, то его зависимость от истинного расстояния
больше похожа на параболу, и при значительном истинном расстоянии
оценить его трудно. |