Реконструкция филогенетического дерева

Реконструкция проводилась на основе последовательностей,
соответствующих листьям моего дерева:

                +-------A
    +-----------2
    |           +-------B
 +--1
 |  |          +--------C
 |  +----------3
 |             |    +----D
 |             +----4
 |                  +----E
-R1
 +--------------------F 

Было получено выравнивание без гэпов и матрица эволюционных
расстояний по Джуксу - Кантору (программа ednadist ).

Вот эта матрица:

    6
leafA       0.0000  0.5195  1.2830  1.3002  1.3178  1.7204
leafB       0.5195  0.0000  1.3732  1.4757  1.3358  1.5448
leafC       1.2830  1.3732  0.0000  0.6178  0.5903  1.5569
leafD       1.3002  1.4757  0.6178  0.0000  0.2731  1.3637
leafE       1.3178  1.3358  0.5903  0.2731  0.0000  1.4025
leafF       1.7204  1.5448  1.5569  1.3637  1.4025  0.0000 

Затем были построены деревья четырьмя различными методами:

• Метод UGPMA, программа eneighbor :

                                  +---------------leafA     
         +------------------------2  
         !                        +---------------leafB     
    +----4  
    !    !                     +------------------leafC     
    !    +---------------------3  
  --5                          !         +--------leafD     
    !                          +---------1  
    !                                    +--------leafE     
    !  
    +---------------------------------------------leafF     

  Скобочная формула:

   (((leafA:0.25975,leafB:0.25975):0.41406,(leafC:0.30202,(leafD:0.13655,
   leafE:0.13655):0.16547):0.37178):0.08502,leafF:0.75883); 

  Дерево укорененное и ультраметрическое; программа
  использует матрицу попарных расстояний.

• Метод ближайших соседей (Neighbor-Joining), программа eneighbor :

    +----leafD     
    !  
  --4---leafE     
    !  
    !                            +------leafA     
    !            +---------------1  
    !   +--------2               +-------leafB     
    !   !        !  
    +---3        +-------------------------leafF     
        !  
        +---------leafC     

  Скобочная формула:

   (leafD:0.14622,leafE:0.12688,(((leafA:0.24624,leafB:0.27326):0.50984,
   leafF:0.86301):0.28804,leafC:0.33816):0.12934); 

  Дерево неукорененное, неультраметрическое; используется
  матрица попарных расстояний.

• Метод наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood), программа ednaml :

    +-------leafB     
    !  
    !                  +--------------------------leafF     
    !                  !  
  --1------------------4           +---leafE     
    !                  !       +---3  
    !                  +-------2   +----leafD     
    !                          !  
    !                          +---------leafC     
    !  
    +--------leafA     

  Скобочная формула:

   (leafB:0.24615,(leafF:0.90646,((leafE:0.12806,
   leafD:0.14714):0.13698,leafC:0.33872):0.26627):0.63297,
   leafA:0.29585); 

  Дерево неукорененное, неультраметрическое; используется
  выравнивание (символьно-ориентированный метод).

• Метод максимальной экономии (Parsimony), программа ednapars :

          +--------leafF     
          !  
       +--5     +--leafE     
       !  !  +--4  
       !  +--3  +--leafD     
    +--2     !  
    !  !     +-----leafC     
  --1  !  
    !  +-----------leafB     
    !  
    +--------------leafA     

  Скобочная формула:

   (((leafF,((leafE,leafD),leafC)),leafB),leafA); 

  Дерево неукорененное, неультраметрическое;
  символьно-ориентированный метод.

  Cравнение топологии исходного дерева
  и четырёх вариантов его реконструкции

  Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
  ABCDEF
  {AB}-{CDEF}	+	+	+	+	+
  {ABF}-{CDE}	+	+	+	+	+
  {ABCF}-{DE}	+	+	+	+	+

  Итак, все методы реконструировали схему
  дерева правильно.

  Лучшие результаты показал метод UPGMA,
  так как дерево получилось правильно укоренённым
  и ультраметрическим.