Поиск проводился с помощью поисковой системы DBGET с главной странички Энциклопедии генов и геномов KEGG
Субстрат: D-Ribose 5-phosphate;
продукт: 5-Phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate.
Поиск проводился по полю reaction.
Результаты:
ATP + D-Ribose 5-phosphate <=> AMP + 5-Phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate
Поиск вёлся по полю PATHWAY.
| Запрос | Скодько нашлось |
| Glycolysis | 424 |
| Glycolysis / Gluconeogenesis | 424 |
| Glycolysis / Gluconeogenesis reference | 3 |
| Glycolysis / Gluconeogenesis map | 1 |
| Glycolysis / Gluconeogenesis reference map | 1 |
Если задать в поиске по Pathway термин Glycolysis / Gluconeogenesis, находятся все пути KEGG, описывающие гликолиз и гликонеогенез, в том числе пути для каждого организма. При поиске со словом Reference мы получаем три пути (Reference pathway (KO), Reference pathway и Reference pathway (Reaction)) со ссылками на описание онтологий, ферментов и реакций соответственно. При поиске по Map выдаётся общая схема пути, совпадающая с Reference_pathway.
Путь: Glycolysis / Gluconeogenesis, выбранные ферменты, катализирующие одинаковую реакцию: EC 5.1.3.15 - EC 5.3.1.9
Сравнение ферментов:
| EC 5.1.3.15 | EC 5.3.1.9 | |
| Название | Глюкозо-6-фосфат-1-эпимераза | Глюкозо-6-фосфатизомераза, фосфогексозоизомераза, ... |
| Системное название | D-глюкозо-6-фосфат-1-эпимераза | D-глюкозо-6-фосфатальдегидокетонная изомераза |
| Класс | Изомеразы Рацемазы и эпимеразы Действуют на углеводы и их производные | Изомеразы Внутримолекулярные оксидоредуктазы Внутреннее преобразование альдоз и кетоз |
| Реакция | alpha-D-glucose 6-phosphate = beta-D-glucose 6-phosphate | D-glucose 6-phosphate = D-fructose 6-phosphate |
| Пути | гликолиз/гликонеогенез | гликолиз/гликонеогенез Пентозофосфатный путь Метаболизм крахмала и сахарозы |
Фермент с кодом 5.3.1.9 менее специализированный, он может выполнять изомерацию глюкозофосфата наряду с другими реакциями. Фермент с кодом 5.1.3.15 более специфичен для данной реакции.
Пути: Биосинтез лейцина из пирувата у человека и E.coli K-12 MG1655.
Карта: Valine, leucine and isoleucine biosynthesis - Reference pathway.
Изображение карты. Субстрат и продукт обведены красным. На пути синтеза кружочки, соответствующие промежуточным веществам, залиты зелёным.
Синтез лейцина из пирувата протекает в 11 стадий. Пируват может образоваться из D-лактата, ацетил-КОА, L-малата, оксалоацетата, фосфоенолпирувата, 2-гидроксиэтилендикарбоксилата, ацетилендикарбоксилата или метилглиоксаля, а L-лейцин может превратиться в 4-метил-2-оксопентаноат, L-бета-лейцин или полимеризоваться в белок.
Это — карты метаболизма для E.coli. Субстрат и продукт обведены красным. Квадраты с кодом ферментов, которые есть у E.coli, залиты зелёным. Также зелёным выделены промежуточные вещества, которые могут использоваться.
Это — карта биосинтеза лейцина для человека. Раскраска такая же, как и в предыдущем случае.
Вывод: Биосинтез лейцина из пирувата возможен у Escherichia coli K-12 MG1655 двумя путями, тогда как у человека нет необходимых для этого ферментов. У человека синтез лейцина возможен лишь из 4-метоксил-2-оксопентаноата, либо человек должен получать его в готовом виде.