Анализ филогенетического дерева

Задача — построить и исследовать филогенетическое дерево белков.

Часть 1. Составление выборки аминокислотных последовательностей

Аминокислотные последовательности были найдены с помощью SRS в БД UniProt, если попадались последователиности из двух подвидов одного вида, то выбирался один (для первой группы). Искались белки:

глобинов (PF00042) семейства Куньих (Mustelidae) и отряда Черепах (Testudines);
глобинов человека — Q8WWM9, P09105, P02008, P69905, P68871, P02042, P02100, P69891, P69892, Q9NPG2;
как внешняя группа (outgroup) — P02144, P02202, Q9DGJ1

Белок P02202 ‌ MYG_CHEMY ‌ Myoglobin был затем удалён из внешней группы, так как уже был включён как глобин черепахи (CHELONIA MYDAS (GREEN SEA TURTLE))

Ниже приведены последовательности этих белков:

Список организмов, изкоторых эти последовательности получены:	Таксономическое дерево (получено со страницы таксономии сайта NCBI):
<P align="justify"><a href="images/taxon_names.htm" target="blanc">Список организмов</a>	<P align="justify"><a href="images/NCBI-commontree.htm" target="blanc">Таксономическое дерево</a>

Часть 2. Построение филогенетического дерева

С помощью emma было построено выравнивание, а затем программой eprotdist получена матрица расстояний и реконструировано филогенетическое дерево по алгоритму Neighbour-Joining с помощью программы eneighbor. Изображение дерева получено в GeneMaster. Последовательности из внешней группы выделены жирным шрифтом. Ортологи отмечены зелёным, паралоги красным.