Визуализация молекул в JMol

В этом практикуме мы визуализируем струтуру зелёного флуоресцентного белка (GFP) из Aequorea victoria. (PDB id 7A7Y)

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода

Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)
α-спирали
N(233MET)-O(230THR)	2.75	128.7
N(234ASP)-O(230THR)	2.79	162.1
N(235GLU)-O(231LEU)	2.93	154.2
N(236LEU)-O(233MET)	2.92	155.6
N(237TYR)-O(234ASP)	3.13	160.7
Среднее	2.90	154.9
β-листы
N(186THR)-O(093VAL)	3.03	148.2
N(095GLU)-O(184GLN)	2.94	164.9
N(184GLN)-O(095GLU)	2.92	164.9
N(097THR)-O(182TYR)	3.0	149.1
Среднее	2.97	156.8

Визуализация структуры молекулы

Вывод

Полученные средние значения попадают в интервал расстояний между атомами от 2.7 до 3.3 Å ^[1], соответвующий водородным связям, а значения углов водородных связей отличаются от идеального угла 180° не более чем на 40°.

Источник
[1] DUNCAN E. McREE, 3 - COMPUTATIONAL TECHNIQUES, Editor(s): DUNCAN E. McREE, Practical Protein Crystallography (Second Edition), Academic Press, 1999, Pages 91-cp1, ISBN 9780124860520, DOI:https://doi.org/10.1016/B978-012486052-0/50005-1.