Множественное выравнивание, эволюционные домены белков
Протокол
Таблица 2. Параметры записи из базы данных Pfam
| ID | Full name | AC | Seed | Full |
|---|---|---|---|---|
| Spot_14 | Thyroid hormone-inducible hepatic protein Spot 14 | PF07084 | 24 | 642 |
Таблица 3.Параметры выбранных блоков
| Блок | Паттерн | Расположение |
|---|---|---|
| Вертикальный плюс-блок | [LV][IFLMV].[VA][MV].R[FY]...V.NM[ED][EQ].[VMIL]{3}P.L | 15-38 |
| Частичный плюс-блок | G[ED]EDLE.Q[FL].YHL.GLH.VL[ST]KLT.KAN.LTNRYKQ[ED]IG[FL] | 185-223 |
| Минус блок | .{1,12} | 172-183 |
В вертикальном блоке присутствует множество крайне консервативных похиций, например P36, L38, R21, L15, по которым были определены границы вертикального плюс-блока. Частичный блок выбирался из того предроложения, что часть вырвнивания на определённом протяжении должа иметь высокий показатель сходства среди последовательностей. Минус-блок был выбран в области, в которой помимо обилия гэпов на всем протяжении присутствуют не связанные между собой аминокислоты.