Нуклеотидные банки данных

Задание 1. Описание сборки генома эукариотического организма

Организм: Медоносная пчела - Apis mellifera (honey bee)
Описание:
Медоносная пчела оностится к семейству Пчелиные отряда Перепончатокрылые. Как и все виды медоносных пчел, Apis mellifera социальны, создают колонии с одной фертильной самкой (или «маткой»), множеством обычно не репродуктивных самок или «рабочих» и небольшой долей фертильных самцов или «трутней». Отдельные колонии могут состоять из десятков тысяч особей, при этом между пчелами особями осущствляется сложное общение с помощью феромонов и особого языка танцев. Медоносная пчела была одним из первых одомашненных насекомых, и это основной вид, который пчеловоды содержат по сей день как для производства меда, так и для опыления растений. Примечатеьно, что митохондриальная ДНК у пчёл может передаваться следующему потомству не только от самок, но и от самцов.
Число сборок: в базе данных NCBI Genome есть полногеномная сборка для Apis millifera,созданная в Уппсальском университете и включающая в себя 16 хромосом и митохондриальный геном.

Медоносная пчела-рабочий

Пчелиная матка

Название сборки	Amel_HAv3.1
GenBank AC	GCF_003254395.2
Уровень сборки	Chromosome
Суммарная длина последовательностей	225,250,884
Число контигов	228
N50	5,382,476
L50	13
Число скэффолдов	177
N50	13,619,445
L50	7
Публикация	PMID: 30961563
Метод секвенирования	PacBio; 10X Chromium; Phase Genomics HiC; Bionano
Последовательность контига	fasta-файл

Задание 2. Поиск CDS прокариотического вируса

Запрос в NCBI Nucleotide:
(Ampullaviridae[Organism]) AND 20000:30000[Sequence Length] and complete genome

АС	NC_009452
Латинское название	Acidianus bottle-shaped virus
TaxID	437444
Тип генома	кольцевая двуцепочечная ДНК
Хозяин	Acidianus convivator
Файл с cds	fasta-файл

Геном данного вируса представлен именно вуцепочечной ДНК, т.к. среди gene и CDS в разделе Features встречаются записи с пометками complement.

Задание 3. Ключи из таблицы локальных особенностей

telomere V_region S_region precursor_RNA iDNA

• telomere - область, идентифицированная и эксперементально охарактеризованная как теломера. В записях с данным ключом описывается участок ДНК, который соответствует определенной структуре на конце линейной эукариотической хромосомы - теломере, которая необходима для целостности и поддержания конца; эта область уникальна по сравнению с остальной частью хромосомы и представляет собой её физический конец



AC	HG994140
telomere	complement(1..1178)
	/note="Homologous to S288c telomeres"
telomere	204876..206059
	/note="Homologous to S288c telomeres"



• V_segment - вариабельный сегмент легкой и тяжелой цепей иммуноглобулина и α-, β- и γ-цепей Т-клеточного рецептора.



AC	NW_025354218
V_segment	complement(join(<9..292,551..611))
	/gene="LOC123254455"
	/standard_name="immunoglobulin kappa variable 3-11-like"
	/note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 29 Proteins, and 96% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments, including 3 samples with support for all annotated introns"



• S_region - S-участок тяжелых цепей иммуноглобулина; участвует в перестройке ДНК тяжелой цепи, приводящей к экспрессии другого класса иммуноглобулинов из той же B-клетки



AC	AM773729
S_region	81243..84711
	/note="Switch mu region, Smu"



• precursor_RNA - любой вид РНК, который еще не является зрелым продуктом РНК; может включать нкРНК, рРНК, тРНК, 5'-нетранслируемую область (5'UTR), кодирующие последовательности (CDS, экзон), промежуточные последовательности (интрон) и 3'-нетранслируемую область (3'UTR)



AC	NG_033097
precursor_RNA	39177..39243
	/gene="MIR6855"
	/gene_synonym="hsa-mir-6855"
	/product="microRNA 6855"
	/transcript_id="NR_106914.1"
	/db_xref="GeneID:102466750"
	/db_xref="HGNC:HGNC:50061"
	/db_xref="miRBase:MI0022701"



• iDNA - промежуточная ДНК; ДНК, которая удаляется посредством любого из нескольких видов рекомбинации.



AC	X57353
iDNA	1348..1607
	/note="Region between VH and putative diversity element."