Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника	NCBI Taxonomy
Arthrobacter sp.	ARTS2	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Micrococcales > Micrococcaceae > Arthrobacter
Bifidobacterium longum	BIFLO	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Bifidobacteriales > Bifidobacteriaceae > Bifidobacterium
Leifsonia xyli	LEIXX	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Micrococcales > Microbacteriaceae > Leifsonia
Mycobacterium leprae	MYCLE	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Corynebacteriales > Mycobacteriaceae > Mycobacterium
Mycobacterium tuberculosis	MYCTU	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Corynebacteriales > Mycobacteriaceae > Mycobacterium
Mycolicibacterium vanbaalenii	MYCVP	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Corynebacteriales > Mycobacteriaceae > Mycolicibacterium
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Rubrobacteria > Rubrobacterales > Rubrobacteraceae > Rubrobacter
Streptomyces avermitilis	STRAW	Bacteria > Terrabacteria group > Actinobacteria > Actinomycetia > Streptomycetales > Streptomycetaceae > Streptomyces

Скобочная формула дерева

(((((ARTS2,LEIXX),BIFLO),STRAW),((MYCLE,MYCTU),MYCVP)),RUBXD);

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:
1) {MYCLE; MYCTU} | {MYCVP; RUBXD; STRAW; BIFLO; ARTS2; LEIXX} - отделяет кладу Mycobacterium
2) {MYCLE; MYCTU; MYCVP} | {RUBXD; STRAW; BIFLO; ARTS2; LEIXX} - отделяет кладу Mycobacteriaceae
3) {MYCLE; MYCTU; MYCVP; RUBXD} | {STRAW; BIFLO; ARTS2; LEIXX} - в NCBI Taxonomy нет названия для этой клады
4) {MYCLE; MYCTU; MYCVP; RUBXD; STRAW} | {BIFLO; ARTS2; LEIXX} - в NCBI Taxonomy нет названия для этой клады
5) {MYCLE; MYCTU; MYCVP; RUBXD; STRAW; BIFLO} | {ARTS2; LEIXX} - отделяет кладу Micrococcales