Сигналы и мотивы - 3¶

Исследование недопредставленности сайтов рестрикции¶

Исследование систем рестрикции-модификации в данном пратикуме проводилось на примере штамма Neisseria gonorrhoeae FA 1090 - граммотрицатльных бактерий, являющихся возбудителями гонореи. Для данного организма известно много генов систем рестрикции-модификации II типа (Рис.1), чьи белки ответвенны за разрушение попавшей в клетку чужеродной ДНК. Сайты узнаваемые ферментами этих систем пречисленны в Таблице 1.

Табл.1. Сайты рестрикции систем рестрикции-модификации II типа Neisseria gonorrhoeae FA 1090.

GCANNNNNNNNTGC	GAGNNNNNTAC	GATC
GACNNNNNTGA	GCCGC	GGNNCC
GCCGGC	CCGG	CCGCGG
GGCC	GGTGA	RGCGCY

Рис.1. Расположение генов систем рестрикции-модификации II типа *Neisseria gonorrhoeae FA 1090*.

Для исследования недопредставленности сайтов рестрикции в геноме Neisseria gonorrhoeae FA 1090 был написан скрипт, который требует запуска в среде bash и наличие на сервере программы CBcalc. На вход данному скрипту подается файл со списком сайтов рестрикции систем II типа. Скрипт создает следующие файлы:

sites.txt - файл с сайтами рестрикции эксперементально проверенных систем из списка, подаваемого на вход скрипту. Этот файл подается на вход программе CBcalc, которая запускается скриптом в оболчке c bash.
out.tsv - файл с оценкой представленности сайтов рестрикции, полученны в результате запуска CBcalc
restrictases.tsv - таблица с рестриктазами и недопредставленными сайтами рестрикции (оценка представленности < 0.8)

В файле restrictases.tsv хранится вся информация о недопредставленных сайтах рестрикции и соответсвующих рестриктазах, чье существование подтверждено эксперементально.

PSI-BLAST¶

Для составления семейства гомологов был выбран белок с идентификатором P47908 - Ribosome hibernation promotion factor, который необходим для димеризации активных 70S рибосом с образование инактивной 100S рибосомы.

Табл.2 Характеристики последовательных запусков psi-blast

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	24	P30334.1	0,004	P24694.1	0,27
2	28	P9WMA8.1	3,00E-06	A7EGB5.1	1,3
3	28	P24694.1	4,00E-21	A7EGB5.1	1,6
4	28	P24694.1	3,00E-21	-	-

Стабилизация поиска новых находок происходит уже на 4-ой итерации и все найденные белки связаны с инактивацией рибосомы, исходя из чего можно говорить о высокой гомологии найденных белков.