Michael Nikonov - Term 2, workshop 8

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
DNA topoisomerase 4 subunit A	PARC_ECOLI	PARC_BACSU	966.5	30.2	49.6	140	14
Epoxyqueuosine reductase	QUEG_ECOLI	QUEG_BACSU	457.0	26.1	44.9	85	15
DNA polymerase III subunit alpha	DPO3A_ECOLI	DPO3A_BACSU	1913.5	37.7	56.4	85	23

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	coverage 2
DNA topoisomerase 4 subunit A	PARC_ECOLI	PARC_BACSU	969.5	31.8	52.3	97	26	95.6	96.3
Epoxyqueuosine reductase	QUEG_ECOLI	QUEG_BACSU	465.0	27.3	46.9	71	12	97.9	96.4
DNA polymerase III subunit alpha	DPO3A_ECOLI	DPO3A_BACSU	1922.5	37.8	56.8	78	28	99.4	99.6

Применение выравнивания к неродственным белкам

Были выбраны белки QUEG_ECOLI (субъединица A топоизомеразы IV E. coli) и PURR_BACSU (репрессор пуринового оперона B. subtilis). В выравниваниях ожидаемо низкие показатели идентичности и похожести, а в глобальном выравнивании большое количество гэпов. В локальном выравнивании показатели идентичности и похожести закономерным образом выше, чем в глобальном, но уровень покрытия для обоих последовательностей очень низкий, так как данные белки не являются родственными, и у них нет общих консервативных участков.

Глобальное выравнивание

Name 1	Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
DNA topoisomerase 4 subunit A	QUEG_ECOLI	PURR_BACSU	24.0	12.9	21.0	268	22

Локальное выравнивание

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1, %	coverage 2, %
DNA topoisomerase 4 subunit A	QUEG_ECOLI	PURR_BACSU	37.0	19.5	36.2	77	10	49.6	62.1

Множественное выравнивание

Для выбранной мнемоники PARC (субъединица А топоизомеразы IV) нашлось 37 записей в Swiss-Prot. Из них были выбраны для множественного выравнивания следующие из них: PARC_BORBU, PARC_STAEQ, PARC_STRP8, PARC_MYCGE, PARC_ECOLI, PARC_STAAM, PARC_BACSU. Были обнаружены консервативные участки: 24, 27-29, 32-34, 39-58, 77-82, 216-220. Данные участки могли бы участвовать в связывании ДНК, входить в состав активного центра или играть значительную роль в поддержании структуры белка.