DNA & RNA
Задание 1
Файлы в расширении pdb доступны по клику на соответствующую картинку
 |
 |
 |
| A-форма | B-форма | Z-форма |
Задание 2
На иллюстрации изображен тимин, красным помечены атомы, обращенные в сторону большой бороздки, синим - атомы, обращенные в сторону малой.
Был исследован тимин (T4) ДНК В-формы. Красным помечены атомы: T4.N1, T4.C2, T4.O2; синим - T4.C4, T4.O4, T5.C5, Т5.С5М.
| А-форма | В-форма | Z-форма | ||
|---|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая | |
| Шаг спирали (Å) | 28.02 | 33.75 | 42.95 | |
| Число оснований на виток | 11 | 11 | 12 | |
| Ширина большой бороздки | 18.5 (6-39) | 17.2 (1-37) | 18.3 (2-36) | |
| Ширина малой бороздки | 8.00 (2-33) | 11.7 (11-34) | 9.9 (5-40) |
Задание 3
Для исследования была выбрана человеческая транспортная РНК из комплекса с соответствующей триптофанил-тРНК-синтетазой (2DR2). Файл в расшиирении pdb доступен по ссылке. Посредством команды grep "^ATOM" 2dr2.pdb | grep "[AUGC] B " > b.pdb цепь тРНК была выделена в отдельный файл для дальнейшего анализа.
С помощью find_pairs в тРНК были выделены следующие структуры:
- Спирали: 1-7/71-65, 48-54/64-56, 20-24/14-10, 25-32/43-35
- Неканоничные пары: U5-G68, G49-U65, U55-G57, A21-A14, G26-A44, C32-A38
Использованный для анализа файл из выдачи доступен по ссылке