DNA-protein complexes
Задание 1
Для изучения была выбрана тРНК-Gly человека в комплексе с глицил-тРНК синтетазой (4KR2).
Поиск комплементарных участков с einverted был осуществлен данной командой: $ einverted rcsb_pdb_4KR2.fasta -gap 10 -threshold 1 -match 5 -mismatch -5
| Участок структуры | Позиции по find_pair | Позиции по einverted | Позиции по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
Акцепторный стебель | 5'-459-465-3' 5'-522-528-3' всего 7 пар | 7/7 | 5'-459-465-3' 5'-522-528-3' |
D-стебель | 5'-468-471-3' 5'-479-482-3' Всего 4 пары | 0/4 | 5'-468-470-3' 5'-480-482-3' |
T-стебель | 5'-505-509-3' 5'-517-521-3' Всего 5 пар | 0/5 | 5'-503-507-3' 5'-515-519-3' |
Антикодоновый стебель | 5'-483-489-3' 5'-495-501-4' Всего 7 пар | 0/7 | 5'-482-487-3' 5'-495-500-4' |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 7 | 21 |
Задание 2
Для изучения была выбрана скрепка PCNA S. cerevisae.Скрипт, задающий множества атомов кислорода дезоксирибозы; атомов кислорода фосфатов; атомов азота азотистых оснований.
Скрипт, последовательно демонстрирующий эти множества.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 5 | 6 |
| остатками фосфорной кислоты | 4 | 5 | 10 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 0 | 0 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Как и предполагалось, скрепка не вносит особых изменений в структуру ДНК. Ее основная задача состоит в увеличении процессивности идущей за ней ДНК-полимеразы дельта или эпсилон. Поэтому контактов между атомами азотистых обнаружено не было.
Изображение, иллюстрирующее контакты белка с ДНК было получено с помощью программы nucplot.
