Nucleotide databases
Сборка генома Ailuropoda melanoleuca
Вид большая панда (Ailuropoda melanoleuca) входит в монотипический род, относящийся к семейству медвежьих (Ursidae). Долгое время таксономия вида обсуждалась, учитывая конвергенцию с енотами. Однако средствами молекулярной биологии большая панда была однозначно отнесена к семейству Ursidae[1]. |
Число сборок генома: 2 Название выбранной сборки: ASM200744v2 AC из RefSeq: GCF_002007445.1 Уровень сборки: Chromosome Общая длина последовательности: 2444077458 Число контигов, N50, L50: 127086, 127363, 5347 Число скэффолдов, N50, L50: 77288, 129245720, 8 Ссылка BioProject: PRJNA588422 Последовательность контига: LNAT02000021.1 |
Посдедовательности CDS представителя Podoviridae
| Запрос | Число находок | AC записи | Название и TaxId | Тип генома | Хозяин | Участки генома, кодирующие белки |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ( Podoviridae[ORGANISM] AND 50000:60000[SLEN] ) AND complete genome | 186 | NC_054960 | Ralstonia phage Heva, 2759730 | linear dsDNA | Ralstonia pseudosolanacearum I-31 (MT043) | CDSs.fasta |
Файл с CDS был получен с помощью нажатия на "Send to", выбора опции "Coding sequences" и формата "fasta". Формат скачанного txt-файла был заменен на fasta.
Хозяином была бактерия Ralstonia pseudosolanacearum штамма I-31 (MT043), выделенная из почвы острова Реюньон, на которой произрастал картофель.
Файл был получен кликом на ID в записи генома, далее "FASTA", "Send to", выбрана радиокнопка "File", опция "Format": "FASTA", клик по "Create file".
Описание ключей локальных особенностей
regulatory – участок последовательности, регулирующий транскрипцию, трансляцию, репликацию, рекомбинацию, либо же участвующий в организации хромаина.
regulatory 200..494
/regulatory_class="silencer"
/experiment="EXISTENCE:reporter gene assay evidence
[ECO:0000049][PMID:27701403]"
/note="tiled region #720; HepG2 Repressive non-DNase
unmatched - State 22:ReprW"
/function="represses a minimal TATA promoter and a strong
SV40 promoter by Sharpr-MPRA in HepG2 cells
{active_cell/tissue: HepG2}"
/db_xref="GeneID:108281177"
propeptide – участок НК, кодирующий интеин, участок белка, которая вырезается при формировании зрелого белка.
propeptide join(241..550,603..971)
/gene="krtC"
/product="pro-neutral protease"
protein_bind – участок нековалентного связывания с белком.
protein_bind 2414..2426
/experiment="EXISTENCE:protein binding evidence
[ECO:0000024][PMID:24332177]"
/note="HMGA2 site"
/bound_moiety="high mobility group AT-hook 2"
/function="positive regulation of transcription"
/db_xref="GeneID:108281177"
telomere – участок, экспериментально определенный, как теломера.
telomere 914147..917654
/note="Homologous to S288c telomeres"
misc_binding – участок, связывающийся ковалентно или нековалентно, со структурой, не являющейся белком или праймером (ключ для белка указан выше, для праймера – primer_bind).
FT misc_binding 106713..106737
FT /note='99-79316-158.probe'