Databases

Кластеризация

В данной работе был исследован список генов, доступный по ссылке. В качестве инструмента для анализа была использована база данных STRING и сопутствующее веб-приложение, результат рабтоы которого показан на рис. 1 в виде графа, в вершинах которого – гены из списка. Различные взаимодействия между ними показаны в виде ребер соответствующих типам взаимодействия цветов.

Из выдачи видно, что все гены из списка коэкспрессируются (данный тип взаимодействия обозначен черным) за исключением UXS1 и ALG5. Также большая часть из них располагается в геноме по соседству друг с другом (обозначено зеленым). Исключения из них составляют MECR и DCXR. Также все из коэкспрессирующихся генов встречаются в одних и тех же статьях (салатовый).

Определение функции

Далее данный список генов был исследован с помощью Reactome. Не все гены были найдены в базе данных, а именно UXS1, который никак не был связан с кластером, построенным STRING и DHDH.

В этот раз также не все гены кластеризовались. Большинство из них были связаны с метаболизмом. Исключение составил ALG5 (долихилфосфат-бета-глюкозилтрансфераза), который участвует в гликозилировании долихола[1]. Также два гена были связаны с паталогическими состояниями. Продукт DCXR (L-ксилулозредуктаза) синтезирует ксилит, предотвращая осмолитический шок в почечных канальцах[2]. Один из генов участвовал в поздних процессах заражения SARS-CoV-2.

Большая же часть из кластеризовавшихся генов которые относятся к метаболизму являлись оксидоредуктазами, которые в основном участвовали в катаболизме углеводов, а некоторые – ксенобиотиков (AKR1A1, AKR7A2). Одна из оксидоредуктаз (CRYL1) оказалась гомологом клисталлина.

Библиография

[1] UniProt – Q9Y673 (ALG5_HUMAN, (долихилфосфат-бета-глюкозилтрансфераза) https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q9Y673/entry

[2] UniProt – Q7Z4W1 (DCXR_HUMAN, L-ксилулозредуктаза) https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q7Z4W1/entry