1. Выбранное семейство доменов
Для анализа было выбрано семейство доменов GH172 second beta-sandwich domain.
| Таблица 11.1 | |
|---|---|
| Параметр | Значение | Name | GH172 second beta-sandwich domain |
| AC | PF11175 |
| ID | GH172_2nd |
| Seed | 42 |
| All | 4k |
| SW | 4k |
| Domain architectures | 46 |
| 3D | 6 |
| Eukaryota | 353 |
| Archaea | 14 |
| Bacteria | 3274 |
Этот домен был обнаружен в семействе ферментов Bifidobacterium dentium, Microbacterium arabinogalactanolyticum и родственных им белках. Занимательно, что эти белки содержат пару похожих доменов, которые образуют очень аппетитные структуры - бета-сэндвич в виде «желейного рулета» (jelly-roll beta-sandwich). Эти продукты кулинарного искусства собираются в тримерную структуру, которая может образовывать другие структуры более высокого порядка. Выходит своеобразный гранд-рулет.
Домен широко распространён среди бактерий, много меньше среди эукариот, а также встречается у архей.
2. Анализ seed-выравнивания
Seed-выравнивание было загружено в Jalview через меню:
| Таблица 11.2 | |
|---|---|
| Параметр | Значение |
| Выравнивание seed | 42 последовательности, 293 позиции |
| Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-All) | 136-141 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 137:T; 138:G; 139:T(32 из 42); 140:E |
| Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности (МДБ-notAll) | Колонки от 4 до 12, последовательности 1-15; другие максимальные блоки с тем же подмножеством - 70-81; 108-121; 163-174; 196-222 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 4:G; 5:[RYK]; 6:[FL]; 7:[HT]; 8:A; 9:[QTWIS](13 из 15); 10:[WHYS](14 из 15); 11:R(7 из 15); 12:R |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | 20-28 |
Блок в позициях 20-28 содержит большое число, поэтому нет достаточных оснований считать, что выравнивание в этой области отражает реальный ход эволюции.
Файл проекта Jalview: blocks.jvp
3. Карта локального сходства (dotplot)
Для построения карты локального сходства были выбраны два белка с одинаковыми доменами GH172_1st, GH172_dom, GH172_2nd, но различной доменной архитектурой - в одном из белков дополнительно присутствовал домен DUF8441.
| Таблица 11.3 | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | GH172_1st-GH172_dom-GH172_2nd |
| Белок с архитектурой 1 | Q744K2 |
| Доменная архитектура 2 | GH172_1st-GH172_dom-GH172_2nd-DUF8441 |
| Белок с архитектурой 2 | D1W3J3 |
На протяжении всей диаграммы наблюдается выраженная центральная диагональ, характеризующая высокое сходство последовательностей. Диагональ прерывистая, что связано с наличиями вариабельных участков преимущественно между доменами, в которых происходили небольшие делеции и вставки. Дополнительный домен во втором белке, по-видимому, не вошёл в границы карты локального сходства, поэтому диагональ практически непрерывна.