Практикум 3

Структура в целом

В базе данных PDB идентификатору 7FRK соответствует белковый комплекс PTP1B с Z30820160. PTP1B (Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1) относится к классу белков, если быть точнее — белков-гидролаз; состоит из 1 полимерной цепи A, и, соответственно, идентичных цепей нет. Эта же цепь является мономером макромолекулы. В одну биологическую единицу белка входит одна цепь A.

Общий вид структуры
Рис. 1. Общий вид структуры

Отдельные цепи

Данная макромолекула относится к человеческому организму (Homo sapiens), экспрессия производилась в Escherichia coli.

Uniprot_id: P18031
Название: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 (PTP1B).

Функция: выступает регулятором ответа на накопление неправильно свернутых белков в эндоплазматическом ретикулуме (unfolded protein response). Осуществляет дефосфорилирование EIF2AK3/PERK, тем самым инактивируя протеинкиназную активность EIF2AK3/PERK. Может играть важную роль в сигнальных каскадах, индуцированных CKII и p60c-src. Также может регулировать сигнальный путь EFNA5–EPHA3, который модулирует клеточную реорганизацию и межклеточное отталкивание. Кроме того, может участвовать в регуляции сигнального пути рецептора фактора роста гепатоцитов посредством дефосфорилирования MET.

Катализируемая реакция:
O-phospho-L-tyrosyl-[protein] + H2O = L-tyrosyl-[protein] + phosphate

Относительно референса из Uniprot в последовательности мутаций обнаружено не было. Модифицированные аминокислотные остатки также отсутствуют.

Вторичная структура

Вторичная структура
Рис. 2. Вторичная структура, представленная преимущественно тяжами

Малые молекулы

  1. JFP (N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide): JFP.pdb
  2. TRS (2-amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol): TRS.pdb
Окружение лиганда JFP
Рис. 3. Окружение лиганда JFP

Взаимодействия между аминокислотными остатками

Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
Рис. 4. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
Рис. 5. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
Солевой мостик
Рис. 6. Солевой мостик
Дисульфидная связь
Рис. 7. Дисульфидная связь
Стекинг
Рис. 8. Стекинг