Выбор белка Natronococcus occultus SP4
В ходе практикума был выбран белок (S)-8-амино-7-оксононаноатсинтаза BioU. Для поиска белка использовался запрос, включающий в себя название организма - Natronococcus occultus SP4. Среди 4155 результатов было расмотрено 13 белков с высшей среди представленных оценкой аннотации (4) и выделен белок с одним из самых коротких названий.
Информация об (S)-8-амино-7-оксононаноатсинтазе BioU
Фермент-«самоубийца», участвующий в биосинтезе биотина. Катализирует образование (S)-8-амино-7-оксонаноната (карбаминовой кислоты DAN) из (7R,8S)-8-амино-7-(карбоксиамино)нонаноата (DAN); выполняет функцию, эквивалентную реакции BioA и первой полуреакции BioD. Считается, что клеточная потребность в биотине настолько низкая, что этот фермент, совершая один оборот, обеспечивает организм достаточным количеством кофактора.
Поисковые запросы
1. Для получения информации об уникальности фермента и пути исполнения его работы использовался запрос "protein_name:BioU OR (protein_name:"suicide enzyme" AND biotin)". В результате было выведено 353 результата, из которых 2 помечены как используемые в биотехнологических процессах. Один из них - Haloferax mediterranei, таксономически близкий объект к Natronococcus occultus, отчего можно рассматривать данный организм как потенциального продуцента данного фермента.
2. Запрос "protein_name:BioU AND reviewed:true" использовался для получения информации о достоверности сведений о данном белке. Несмотря на то, что из двух выведенных результатов оба фермента не принадлежали непосредственно Natronococcus occultus SP4, их наличие говорит о том, что белок всё же был исследован.
3. По запросу "protein_name:BioU AND (organism_name:halo* OR organism_name:natrono*)" было найдено 81 совпадение, что свидетельствует о распространённости данного фермента среди экстремофильных натроно- и галоархей.