Глобальное выравнивание (needle)
Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков:
| Protein | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.0 | 39.9 | 57.9 | 94 | 20 |
| Dihydrofolate reductase | DYR_ECOLI | DYR_BACSU | 359.0 | 41.7 | 60.7 | 9 | 2 |
| Flagellar protein FliL | FLIL_ECOLI | FLIL_BACSU | 85.0 | 20.0 | 44.5 | 16 | 5 |
Локальное выравнивание (water)
| Protein | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.5 | 40.1 | 58.1 | 89 | 18 | 99.0 | 99.1 |
| Dihydrofolate reductase | DYR_ECOLI | DYR_BACSU | 359.0 | 43.8 | 63.8 | 1 | 1 | 99.4 | 94.6 |
| Flagellar protein FliL | FLIL_ECOLI | FLIL_BACSU | 86.0 | 21.4 | 47.6 | 8 | 4 | 92.9 | 97.9 |
Сравнение выравниваний
Все расмотренные пары, вероятно, гомологичны почти по всей длине, на что указывает высокий процент сходства и покрытия в глобальных выравниваниях. Здесь локальное выравнивание слабо информативно и практически синонимично глобальному, которое даёт информацию о сходстве на протяжении всей последовательности. Редкие участки с низким сходством, вероятно, являются низкоконсервативными.
Неродственные белки
Для случайной пары белков (ACKA_BACSU и PANC_ECOLI в базе UniProt) с разными функциями наблюдается низкий процент идентичности и сходства, а имеющиеся совпадения случайны.
| Type | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Global | 326.0 | 9.4 | 19.9 | Global | 23 | - | - |
| Local | 31.5 | 13.8 | 21.0 | 276 | 13 | 62.5 | 48.1 |
Множественное выравнивание
Выбранная мнемоника - FLIL (Flagellar protein FliL), найдено 11 белков.
Выбранные организмы (кроме EFTU_ECOLI и EFTU_BACSU):
- FLIL_AQUAE — Aquifex aeolicus (strain VF5)
- FLIL_SALTY — Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
- FLIL_TREPA — Treponema pallidum (strain Nichols)
- FLIL_CAUVN — Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (Caulobacter crescentus)
- FLIL_CAUVC — Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CIP 103742 / CB 15) (Caulobacter crescentus)
Выравнивание делалось с помощью программы Jalview, найдено 11 белков. Все белки выровнены и гомологичны. Наиболее консервативные участки расположены в колонках: 15-27, 37-61, 72-82, 104-130, 138-202, 207-217.
Файл проекта Jalview: flil.jvp