Глобальное выравнивание (needle)
Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков:
| Protein | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | G3P_ECOLI | G3P_BACSU | 2358.0 | 68.5 | 81.2 | 15 | 4 |
| Chaperone protein DnaK | DNAK_ECOLI | DNAK_BACSU | 4126.0 | 71.3 | 84.6 | 22 | 6 |
| Elongation factor Tu | EFTU_ECOLI | EFTU_BACSU | 3241.0 | 73.8 | 86.9 | 18 | 5 |
Локальное выравнивание (water)
| Protein | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | G3P_ECOLI | G3P_BACSU | 1852.0 | 68.5 | 81.2 | 8 | 3 | 99.1 | 97.6 |
| Chaperone protein DnaK | DNAK_ECOLI | DNAK_BACSU | 3510.0 | 76.6 | 85.4 | 10 | 4 | 100.0 | 98.9 |
| Elongation factor Tu | EFTU_ECOLI | EFTU_BACSU | 2895.0 | 92.2 | 97.0 | 4 | 2 | 100.0 | 100.0 |
Сравнение выравниваний
Все три пары белков относительно гомологичны, с небольшими вариабельными участками. В первой паре локальным выравниванием выявлено немногим меньше гэпов и инделей, и, можно сделать вывод, что глобальное выравнивание несколько информативнее, так как сравнивает последовательности по всей длине. Во второй паре результаты локального выравнивания почти совпадают с результатами глобального, так что они не являются высокоинформативными. В третьей паре локальное выравнивание показывает высокую консервативность отдельных доменов.
Неродственные белки
Для случайной пары белков (MANB_BACSU и LEP_ECOLI в базе UniProt) с разными функциями наблюдается низкий процент идентичности и сходства, а имеющиеся совпадения случайны.
| Type | Score | % Identity | % Similarity |
|---|---|---|---|
| Global | 326.0 | 9.4 | 19.9 |
| Local | 122.0 | 22.9 | 41.4 |
Множественное выравнивание
Выбранная мнемоника - EFTU (Elongation factor Tu), найдено 4175 белков.
Выбранные организмы (кроме EFTU_ECOLI и EFTU_BACSU):
- EFTU_MYCTU — Mycobacterium tuberculosis
- EFTU_THET8 — Thermus thermophilus
- EFTU_CHLTR — Chlamydia trachomatis
- EFTU_BOVIN — Bos taurus
- EFTU_ACIAD — Acinetobacter baumannii
Выравнивание делалось с помощью программы Jalview, найдено 27 белков. Не все они хорошо выровнены и относительно гомологичны: выделяется белок "Isoleucine--tRNA ligase", не подходящий по длине. Наиболее консервативные участки довольно короткие, в 1-4 аминокислоты.
Файл проекта Jalview: jalview_project.jvp