Факультет Биоинженерии и биоинформатики

Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов

      Разноцветные области – группы ортологичных белков. Наиболее темным цветом отмечены паралоги.
В ходе изучения филогенетического дерева точно установить, какой из белков из организма курицы является ортологом к данному семейству, невозможно. Кроме этого, непонятно, к какому семейству ортологов относить белок из полосатой аквариумной рыбки Danio, африканской лягушки Xenopus и человека.

 

Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов


Bacteria

Pausterella

Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae

Esherichia

Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae

Thermotoga

Thermotogae; Thermotogae (class); Thermotogales; Thermotogaceae

Lactococcus

Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae

Bacillus

Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae

Clostridium

Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae

Archaea

Sulfolobus

Crenarchaeota; Thermoprotei; Sulfolobales; Sulfolobaceae

Halobacterium

Euryarchaeota; Halobacteria; Halobacteriales; Halobacteriaceae

Methanococcus

Euryarchaeota; Methanococci; Methanococcales; Methanococcaceae

Archaeoglobus

Euryarchaeota; Archaeoglobi; Archaeoglobales; Archaeoglobaceae

Pyrococcus

Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae

Филогенетическое дерево не вполне отвечает известным таксономическим данным – например, некоторые белки архей ближе к белкам Escherichia, чем белки других бактерий типа Firmicutes.

 

Эволюционная модель

Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями

Сравнение методов реконструкции деревьев



© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова