Факультет Биоинженерии и биоинформатики

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Работа с программами GeneDoc, Excel, пакетом EMBOSS: Needle, Water и Matcher

         Матрица переходов.
Параметры для построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.

Seq1: AESTR
Seq2: EST

Построение матрицы глобального выравнивания

Цветом отмечен путь оптимального пути перехода.

Вес выранивания: 2

Выравнивание:


Seq1: SIMVQLQDV
Seq2: IVQDV

Построение матрицы локального выравнивания.

Оранжевым цветом отмечен путь оптимального пути перехода.


Вес выранивания: 6
Вес субоптимального выравнивания: 4

Выравнивание:

   

Поиск участков локальной гомологии

Последовательности, для которых при помощи программы Matcher из пакета Emboss было построено локальное выравнивание в формате Fasta:



>BtuD
MSIVMQLQDVAESTRLGPLSGEVRAGEILHLVGPNGAGKSTLLARMAGMTSGKGSIQFAG
QPLEAWSATKLALHRAYLSQQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELLNDVAGALALDDKL
GRSTNQLSGGEWQRVRLAAVVLQITPQANPAGQLLLLDEPMNSLDVAQQSALDKILSALC
QQGLAIVMSSHDLNHTLRHAHRAWLLKGGKMLASGRREEVLTPPNLAQAYGMNFRRLDIE
G
HRMLISTI

>Seq3
QLQDVAESTR
MNFRRLDIEG

Координаты участков выравниваний в белке BtuD: 6-15

 

Координаты участков выравниваний в белке BtuD: 234-243



 

Влияние параметров на глобальное выравнивание                       

Матрица замен: EBLOSUM62
Штраф за открытие делеции: 10.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0


Длина последовательности: 249
Идентичность: 11/249 ( 4.4%)
Похожесть: 15/249 ( 6.0%)
Делеции: 229/249 (92.0%)
Цена выравнивания: 52.0


   При изучении выравниваний с разными парметрами видно, что при изменении матрицы и уменьшении штрафа за открытие делеции цена выравнивания значительно вырастает (с 52.0 до 91.0), а значения идентичности (identity) и похожести (similarity) остаются неизменными.
Матрица замен: EBLOSUM40
Штраф за открытие делеции: 1.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0

Длина последовательности: 253
Идентичность: 13/253 ( 5.1%)
Похожесть: 14/253 ( 5.5%)
Делеции: 237/253 (93.7%)
Цена выравнивания: 91.0


 


На главную             


© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова