Глобальное
и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Работа с программами GeneDoc, Excel, пакетом
EMBOSS: Needle, Water и Matcher |
         Матрица
переходов.
Параметры для построения матрицы переходов:
вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.

Seq1:
AESTR
Seq2: EST |
Построение
матрицы глобального выравнивания
Цветом
отмечен путь оптимального пути перехода.
Вес выранивания: 2
Выравнивание:
|

Seq1:
SIMVQLQDV
Seq2: IVQDV |
Построение
матрицы локального выравнивания.
Оранжевым цветом отмечен путь оптимального пути перехода.
Вес
выранивания: 6
Вес субоптимального выравнивания: 4
Выравнивание:
|
  
Поиск участков
локальной гомологии
Влияние
параметров на глобальное выравнивание                       
Матрица
замен: EBLOSUM62
Штраф за открытие делеции: 10.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0
Длина последовательности: 249
Идентичность: 11/249 ( 4.4%)
Похожесть: 15/249 ( 6.0%)
Делеции: 229/249 (92.0%)
Цена выравнивания: 52.0
   При изучении выравниваний с разными парметрами видно, что при изменении матрицы и уменьшении штрафа за открытие делеции цена выравнивания значительно вырастает (с 52.0 до 91.0), а значения идентичности (identity)
и похожести (similarity) остаются неизменными.
|
Матрица
замен: EBLOSUM40
Штраф за открытие делеции: 1.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0
Длина последовательности: 253
Идентичность: 13/253 ( 5.1%)
Похожесть: 14/253 ( 5.5%)
Делеции: 237/253 (93.7%)
Цена выравнивания: 91.0
 |
|