Alignment

Факультет Биоинженерии и биоинформатики

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Работа с программами GeneDoc, Excel, пакетом EMBOSS: Needle, Water и Matcher

Матрица переходов.
Параметры для построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.

Seq1: AESTR
Seq2: EST

Построение матрицы глобального выравнивания

Цветом отмечен путь оптимального пути перехода.

Вес выранивания: 2
Выравнивание:

Seq1: SIMVQLQDV
Seq2: IVQDV

Построение матрицы локального выравнивания.

Оранжевым цветом отмечен путь оптимального пути перехода.

Вес выранивания: 6
Вес субоптимального выравнивания: 4
Выравнивание:

Поиск участков локальной гомологии

Последовательности, для которых при помощи программы Matcher из пакета Emboss было построено локальное выравнивание в формате Fasta:

>BtuD
MSIVMQLQDVAESTRLGPLSGEVRAGEILHLVGPNGAGKSTLLARMAGMTSGKGSIQFAG
QPLEAWSATKLALHRAYLSQQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELLNDVAGALALDDKL
GRSTNQLSGGEWQRVRLAAVVLQITPQANPAGQLLLLDEPMNSLDVAQQSALDKILSALC
QQGLAIVMSSHDLNHTLRHAHRAWLLKGGKMLASGRREEVLTPPNLAQAYGMNFRRLDIE
GHRMLISTI

>Seq3
QLQDVAESTRMNFRRLDIEG

Координаты участков выравниваний в белке BtuD: 6-15

Координаты участков выравниваний в белке BtuD: 234-243

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Матрица замен: EBLOSUM62
Штраф за открытие делеции: 10.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0

Длина последовательности: 249
Идентичность: 11/249 ( 4.4%)
Похожесть: 15/249 ( 6.0%)
Делеции: 229/249 (92.0%)
Цена выравнивания: 52.0

При изучении выравниваний с разными парметрами видно, что при изменении матрицы и уменьшении штрафа за открытие делеции цена выравнивания значительно вырастает (с 52.0 до 91.0), а значения идентичности (identity) и похожести (similarity) остаются неизменными.

Матрица замен: EBLOSUM40
Штраф за открытие делеции: 1.0
Штраф за продолжение делеции: 1.0

Длина последовательности: 253
Идентичность: 13/253 ( 5.1%)
Похожесть: 14/253 ( 5.5%)
Делеции: 237/253 (93.7%)
Цена выравнивания: 91.0

На главную