Blast

Факультет Биоинженерии и биоинформатики

BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии

Поиск белка BTUD по фрагменту его аминокислотной последовательности в базе данных SwissProt

         Последовательности:
            Оригинальная 30-буквенная последовательность: QQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELLND
            Оригинальная 30-буквенная последовательность + 3 замены: QQQTPPFATPVWHYLTLHQHDKTRTELHQH
            Десятибуквенная последовательность: AAVVLQITPQ

Последовательность	30 а.к.о.	30 а.к.о. + замены	10 а.к.о.
Порядковый номер хита	1	1	3
Процент совпадающих остатков выравнивания	100%	90%	20%
Score (бит): 68.2	65.5	60.5	20.8
E-value	4e-12	8e-10	684

Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

BLAST нельзя использовать для для поиска ортологов, так как, наример, для поиска последовательностей для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis в базе данных Swiss - Prot Blast выдает результаты, в которых первые двадцать записей содержат в названии строчку RbsR. Очевидно, что возможные ортологи могут являться белками Bacillus subtilis c другим набором функций, белками из других организмов, также имеющие иные функции или белками других организмов с той же самой фунцией (хотя может быть, в их число попадут и искомые ортологи).

На главную