Факультет Биоинженерии и биоинформатики

Фрагмент вторичной структуры

Работа с программой RasMol

   Исследовался фрагмент бета-листа цепи С белка BtuD (на иллюстрации - широкие полосы). При помощи программы RasMol, позволяющей наблюдать водородные связи (на иллюстрации - тонкие линии), удалось установить паттерн образования водородных связей:

для параллельных листов J=(I+2)I=J

CONH
489
896
691
918


для антипараллельных листов J=II=J


CONH
235
523
217
721

  Кроме того, наблюдается определенный порядок расположения CB-атомов относительно оси симметрии структуры: они расположены по обе стороны оси l, причем наблюдается ундулирующая симметрия.
  CB-атомы относительно «ленты» отдельного бета-тяжа расположены "коллинеарно", т.е. лежат в самой его плоскости.

 

Главная страница             


© 2003. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова