 |
Факультет Биоинженерии и биоинформатики |
Поиск мотивов в последовательности BTUD (P06611)
с помощью
средств PROSITE
В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они
описаны с помощью паттернов
С помощью программы ScanProsite было найдено 9 известных мотивов в последовательности
BTUD
Идентификатор паттерна |
Идентификатор документации PROSITE | Паттерн
(регулярное выражение ) |
Число мотивов |
PS00001 * |
PDOC00001: сайт N-гликозилирования |
N-{P}-[ST]-{P} |
1 |
PS00005 * |
PDOC00005: сайт C-фосфорилирования |
[ST]-x-[RK] |
4 |
PS00006 * |
PDOC00006: сайт фосфорилирования казеинкиназы |
[ST]-x(2)-[DE] |
4 |
PS00008 * |
PDOC00008: сайт N-миристоляции |
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. |
2 |
PS00009 * |
PDOC00009: сайт амидирования |
x-G-[RK]-[RK] |
1 |
PS00017 * |
PDOC00017: мотив присоединения АТФ/ГТФ |
[AG]-x(4)-G-K-[ST] |
1 |
PS00211 |
PDOC00185: ABC transporters family signature |
[LIVMFYC]-[SA]-[SAPGLVFYKQH]-G-[DENQMW]-[KRQASPCLIMFW]-[KRNQSTAVM]- [KRACLVM]-[LIVMFYPAN]-{PHY}-[LIVMFW]-[SAGCLIVP]-{FYWHP}-{KRHP}-[LIVMFYWSTA] |
1 |
Правила
записи паттерна:
X-обозначает,
что на данном месте может находиться любой аминокислотный остаток.
X(n)- любые аминокислотные
остатки, число которых в точности равно n.
{
}- любой остаток, кроме заключенного в скобки.
[
]- любой из перечисленных в скобках остаток.
Пример
паттерна: G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}.
Пример последовательности,
удовлетворяющей данному паттерну: GNFLTM
© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова