Set1

Факультет Биоинженерии и биоинформатики

Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и белок BTUD: АТФ-связывающий белок, участвующий в переносе витамина B12.

Часть 1. Краткое описание прототипа о данным базы данных аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, Rel. 43

Запрос

Археи

( Archaea )

Бактерии

(Bacteria)

Эукариоты (Eukaryota)

Query "((((([uniprot-Description:Vitamin*] & [uniprot-Description:B12*]) & [uniprot-Description:transport*]) & [uniprot-Description:ATP-binding*]) & [uniprot-Description:protein*]) & [uniprot-Description:btuD*]) " found 4 entries

                            Часть 2. Описание процедуры составления выборки

                                        Поиск велся по базе данных UniProt (Universal Protein Resource) на странице Европейского института биоинформатики (http://www.ebi.ac.uk/uniprot/database/knowledgebase.html)

                                        Описание запроса: "(((((([uniprot-Description:Vitamin*] & [uniprot-Description:B12*]) & [uniprot-Description:transport*]) & [uniprot-Description:ATP-binding*]) & [uniprot-Description:protein*]) | [uniprot-Description:Vitamin B12 transport ATP-binding prot ein*]) & (([uniprot-Species:Salmonella typhi*] | [uniprot-Species:Yersinia pestis*]) | [uniprot-Species:Escherichia coli*])) "

                                        При этом поиск ограничивался ключевыми словами в описании (DE) белка и необходимыми организмами: Salmonella typhi, Escherichia coli и Yersinia pestis.

                                        Результаты поиска: в базе данных UniProt найдено пять записей, соответствующих запросу.

                            Часть 3. Описание выборки

На главную