Вторичная структура

Общий вид структуры белка:

• Количество спиралей (розовые): 11,
• количество β-тяжей (желтые): 10,
• количество β-поворотов (синие): 18.

Для исследования выбраны следующие элементы вторичной структуры:

• α-спираль 165-189(номера а.о),
• β-тяжи 2-6 и 109-114 (параллельные),
• β-тяжи 127-130 и 136-138 (антипараллельные),
• β-поворот 151-153.

Общий вид белка с подсвеченной α-спиралью:

Только α-спираль:

Остов α-спирали с водородными связями:

Паттерн водородных связей: H(k.O, 4+k.N) при k = 165..185.

α-спираль и Cβ-атомы (красные шарики):

Все Cβ-атомы расположены снаружи спирали и направлены в сторону N-конца.

Скрипт, выводящий изображения α-спирали, можно загрузить здесь.

Параллельные β-тяжи с водородными связями:

Параллельные β-тяжи с водородными связями и Cβ-атомами:

Антипараллельные β-тяжи с водородными связями:

Антипараллельные β-тяжи с водородными связями и Cβ-атомами:

Для β-тяжей характерна следующая закономерность в расположении Cβ-атомов: атомы, выходящие из плоскости листа и уходящие за плоскость чередуются, причем соседние атомы β-тяжей ориентированы в одну сторону.

β-поворот на 180°:


Поворот образован аминокислотными остатками Asp151 Lys152 Asp153. Водородная связь отсутствует.