Выравнивание было построено по блоку участков, выделенном оранжевым цветом, не включая границы блока.
| Характеристика паттерна | Паттерн | Количество мотивов из SwissProt | Все исходные мотивы найдены? |
|---|---|---|---|
| Фрагмент последовательности | 1 | Только исходный белок | |
| Сильный | V-[APE]-Q-A-[SEQ]-[AE]-L-[TE]-[TANE]-[TIL]-[VLM]-[KSEQ]-[DEQ]-[LYI]-[GD]-[TRK]-[EPKS]-[LI] | 23 | 3/6 |
| Слабый | V-x-Q-A-[EQS]-[AEQ]-L-[TEQS]-x-[ATIL]-[VLM]-x-[EDQN]-[LIYP]-[GD]-[KRTS]-x | 28 | 3/6 |
То, что некоторые из участков, использованные мной для составления паттернов, не были найдены ScanProsite, обусловлено какими-то странными критериями поиска: при ручном вводе ID Uniprot исходных последовательностей все они отображаются как соответствующие паттерну.
Никаких белков, кроме бактериальных аденилат-киназ, поиск не выявил. Причина этого, скорее всего, в том, что выбранный сайт специфичен для этого класса белков и редко встречается в других таксонах. Подтвердить или опровергнуть это предположение позволит следующая часть работы.
| Идентификатор документа PROSITE | Название мотива | Краткое описание | Тип подписи | Паттерн | Подпись специфична | Количество мотивов |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PS00113 | ADENYLATE_KINASE | сигнатура аденилат-киназ | паттерн | [LIVMFYWCA]-[LIVMFYW](2)-D-G-[FYI]-P-R-x(3)-[NQ] | специфична (для класса белков) | 1 |
То, что для достаточно неспецифичного белка нашелся всего один мотив, подтверждает предположение о недостатке соответствующей информации в Prosite.