Эволюционные домены

Доменная структура белка KAD_BACSU по данным Pfam

Схема организации белка:

N	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства	Положение	Клан
1	PF00406	ADK	Аденилат киназы (АДК) это фосфотрансферазы, катализирующие обратимую реакцию АМФ + MgАТФ = АДФ + MgАТФ, важнейшую реакцию для многих процессов в живой клетке. В клетках млекопитающих было обнаружено два изомера АДК (цитозольный и митохондриальный), специфичные по АМФ и предпочитающие АТФ другим нуклеозидтрифосфатам. Третий изомер, ГТФ:АМФ-фосфотрансфераза, был обнаружен в сердце быка и клетках человека, использующий только ГТФ или ИТФ как субстрат. АДК был также обнаружен в различных бактериях и дрожжах. Кроме этого, два других фермента имеют родство с АДК: уридинмонофосфокиназа дрожжей и УМФ:ЦМФ киназа плесени. В семействе АДК есть несколько консервативных регионов, в том числе домены связывания АТФ. Один из наиболее консервативных -- остаток аргина, изменение которого инактивирует фермент, и аспарагина, который находится в каталитической полости фермента и образует солевой мостик. [Перевод аннотации Interpro]	5-191	AAA (CL0023) с 142 семействами, у 11 функция неизвестна.
2	PF05191	ADK_lid	Крышка активного сайта аденилат киназы Ион цинка, связанный с доменом, очевидно, структурно гомологичен доменам типа "цинковый палец", однако неясно, имеет ли ион цинка значение для связывания ДНК/РНК или же он несет исключительно структурную функцию.	127-162	—

Сравнительные данные по встречаемости белка в различных организмах

Домен ADK встречается в 1811 видах, а ADK_lid — в 812 видах. Как видно, это очень распространенный домен.

Представленность домена PF05191/ADK_lid в различных таксонах:

Таксон		Количество белков
Eukaryota	Viridiplantae	56
	Fungi	122
	Metazoa	105
	Все остальные	73
Bacteria		1421
Archaea		32

Встречаемость доменов KAD_BACSU в Bacillus subtillis

PFAM ID	Bacillus subtillis
ADK	KAD_BACSU
ADK_lid	KAD_BACSU

Как видно, эти домены ввиду своей специфической функции встречаются только в одном белке.

Доменные перестройки белка KAD_BACSU

Домен ADK может встречаться как с N-, так и с C-конца; кроме того, он нередко встречается несколько раз в одном белке.
O61121_CRIFA: adk & rna cap (ADK слева)
Q6JIY9_CHLRE: triple adk
B3M7U5_DROAN: trna intron endonuclease

Домен ADK_lid фактически всегда встречается между двумя частями домена ADK:
A8JDN2_CHLRE: adk_lid from chlamydomonas
A4QR48_MAGGR: adk_lid from magnaporthe grisea
Q7SGV3_NEUCR: adk_lid from neurospora crassa

БД Pfam и InterPro

Самый короткий и самый длинный мотивы описаны в InterPro, это Adenylate_kinase_Adk из 213 остатков и ADENYLATE_KINASE (сигнатура) из 11 остатков.

Все домены, выделенные в Pfam, присутствуют также и в InterPro в идентичном виде.

Структурные подписи Interpro, обнаруженные в моем белке:
structural features
Это — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases и Microbial and mitochondrial ADK, insert "zinc finger" domain.

Примечания

N-концевой seed для семейства ADK можно скачать в формате MSF.