PSI-BLAST

← Вернуться обратно
ID AC Итераций Для первой итерации Для последней итерации
Находок выше порога 0.005 Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Находок выше порога 0.005 Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 5 162 0.005 0.005 885 2e-05 0.15
SSRP_ECOLI P0A832 2 514 3e-10 5.4 514 5e-31 0.35
RP5M_RHIME P17265 4 15 0.005 0.12 25 8e-15 0.025
KAD_BACSU P16304 5 669 0.004 0.005 708 0.005 0.006

Общая тенденция для изменения E-value такова: лучшие результаты "поднимают" значения E-value выше порога, и как побочный эффект E-value ниже порога опускается. Особенно это заметно для второй и третьей последовательностей, для которых количество находок мало и при малом изменении (или отсутствии изменения) количества находок выше порога их худшее E-value уменьшается очень сильно.

Для последовательностей, при поиске по которым выдается много находок, изменение лучших и особенно худших E-value зачастую незаметно.

При установке порога для MINC_ECOLI в 0.001 список стабилизируется на второй итерации с 264 результатами и худшим E-value над порогов 1e-10. Именно это e-value и можно выбрать в качестве порога для того, чтобы результаты не изменились (впрочем, скорее всего список стабилизируется на первой же итерации)