А- и B-формы ДНК

Структура 2FMT

Общий вид:
2fmt, общий вид
Как можно заметить, в этой структуре есть два разрыва: снизу (в антикодоновой петле) и по центру.

1dc1, общий вид
Во второй структуре разрывов нет.

Характеристики различных форм ДНК

Бороздки ДНК

Красным отмечены атомы, направленные в сторону большой бороздки, синим -- в сторону малой. Про атомы N1 и N3 нельзя точно сказать, в сторону какой бороздки они направлены.

Параметры спирали

	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	16.81	17.21	18.30
Ширина малой бороздки	7.98	11.69	9.86

Торсионные углы

Углы	&alpha	&beta	&gamma	&delta	&epsilon	&xi	&chi
А-форма Презентация	-62	173	52	88 / 3	178	-50	-160
А-форма RasMol	-51.70	174.80	41.68	79.14	-149.79	-75.14	22.76
B-форма Презентация	-63	171	54	123 / 131	155	-90	-117
B-форма RasMol	-29.89	136.32	31.17	143.34	-140.77	-160.50	-98.00

Водородные связи

Структура содержит следующие стебли:

Акцепторный стебель

  16   (0.005) C:..39_:[..C]C-----G[..G]:..31_:C (0.013)     |
  17   (0.006) C:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:C (0.008)     |
  18   (0.004) C:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:C (0.006)     |
  19   (0.007) C:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:C (0.005)     |
  20   (0.004) C:..43_:[..A]A-----U[..U]:..27_:C (0.006)     |
  21   (0.012) C:..44_:[..A]Ax*---G[..G]:..26_:C (0.010)     |

D-стебель

   1   (0.017) C:...2_:[..G]G-----C[..C]:..71_:C (0.004)     |
   2   (0.006) C:...3_:[..C]C-----G[..G]:..70_:C (0.006)     |
   3   (0.008) C:...4_:[..G]G-----C[..C]:..69_:C (0.005)     |
   4   (0.004) C:...5_:[..G]G-----C[..C]:..68_:C (0.014)     |
   5   (0.009) C:...6_:[..G]G-----C[..C]:..67_:C (0.009)     |
   6   (0.006) C:...7_:[..G]Gx----C[..C]:..66_:C (0.003)     |

Антикодоновый стебель. Не определен analyze, так как соответствующая часть структуры повреждена.

T-петля

   7   (0.005) C:..49_:[..G]G-----C[..C]:..65_:C (0.006)     |
   8   (0.009) C:..50_:[..U]U-*---G[..G]:..64_:C (0.007)     |
   9   (0.006) C:..51_:[..C]C-----G[..G]:..63_:C (0.006)     |
  10   (0.015) C:..52_:[..G]G-----C[..C]:..62_:C (0.002)     |
  11   (0.009) C:..53_:[..G]G----xC[..C]:..61_:C (0.010)     |

Данная структура содержит 17 неканонических пар оснований:

   8   (0.009) C:..50_:[..U]U-*---G[..G]:..64_:C (0.007)     |
  12   (0.013) C:..54_:[5MU]u-**-xA[..A]:..58_:C (0.005)     |
  13   (0.043) C:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:C (0.007)     x
  14   (0.005) C:..35_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:C (0.005)     |
  15   (0.005) C:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:C (0.009)     |
  21   (0.012) C:..44_:[..A]Ax*---G[..G]:..26_:C (0.010)     |
  26   (0.008) C:..14_:[..A]A-**-xu[4SU]:...8_:C (0.006)     |
  27   (0.007) C:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:C (0.006)     x

Следующие взаимодействия могут стабилизировать третичную структуру тРНК:

  13   (0.043) C:..55_:[PSU]Px**+xG[..G]:..18_:C (0.007)     x
  14   (0.005) C:..35_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:C (0.005)     |
  15   (0.005) C:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:C (0.009)     |
  26   (0.008) C:..14_:[..A]A-**-xu[4SU]:...8_:C (0.006)     |
  27   (0.007) C:..15_:[..G]Gx**+xC[..C]:..48_:C (0.006)     x
  28   (0.019) C:..19_:[..G]Gx---xC[..C]:..56_:C (0.004)     +

Стейкинг-взаимодействия

Перекрывание: 12.72
Перекрывание: 11.74
Перекрывание: 10.65