Комплексы ДНК-белок

Исследование ДНК-белковых взаимодействий в комплексе ДНК-гидралаза BsoBI

Краткое описание структуры 1DC1

В файле приведены координаты атомов следующих молекул:

• DNA (5'-D(*T*AP*TP*AP*CP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*T)-3'), цепи C, W
• Эндонуклеаза рестрикции BsoBI, цепи A, B

Белок P70985, представленный в структуре 1DC1

Этот белок — эндонуклеаза рестрикции, распознающая фрагмент двухцепочечной ДНК CYCGRG, и разрезающая его после первого цитозина.

Предсказание структуры ДНК

ДНК-белковые контакты

Скрипт, определяющий заданные множества (атомы кислорода рибозы и остатка ортофосфорной кислоты, и азота в азотистых основаниях), находится здесь. При запуске он последовательно покажет все эти множества. PDB-файл, нужный скрипту, лежит здесь.

Контакты атомов разного типа с белком

Скрипт, использовавшийся для получения этих значений, находится здесь.

Неполярные контакты атомов азота отсутствуют, так как атом азота считается полярным, а неполярный контакт должен включать два неполярных атома. Суммарные количества контактов с рибозой и остатками фосфорной кислоты сравнимы, однако в случае с рибозой неполярных контактов гораздо меньше. Это может быть связано с тем, что атомы азота в остатках фосфорной кислоты поляризованы сильнее.

Популярная схема ДНК-белковых контактов

Остаток с наибольшим числом контактов с ДНК — His253(B), однако все эти контакты неполярные.

Возможный распознающий контакт

Я считаю, что одним из аминокислотных остатков, ключевых для распознования сайта, может быть Lys81(A). Он имеет два полярных контакта с двумя последними нуклеотидами в области распознования (R и G, соответственно).

Реальная и предсказанная структуры тРНК

Результат предсказания по алгоритму Зукера (при P=15; P от 5 до 15 не дают видимых изменений, а при P=20 результат абсолютно лишен смысла):

Сопоставить результаты алгоритмических предсказаний и данные из PDB-файла не представляется возможным, так как из-за разрыва посередине тРНК она пронумерована некорректным образом; это видно из таблицы.